通过增值税发票税控开票软件进行操作。
代办退税专用发票的开票方式，首先就是生产企业进入增值税发票税后，开票软件在系统设置委托代办退税企业进入。
增值税专用发票填开界面往上缴点击是否代办退税专用票就选择是，进入申报系统，填写相关的资料，带齐所需资料和电子数据到主管税务机关进行办理。
专用发票是供应增值税一般纳税人生产经营增值税增益税项目使用的一种特殊发票，也是发货票当中的一种。
帮工厂代理出口，退税归工厂，如何开票以及如何把退税款给工厂 在线等。遇到过这种情况。你们可以通过报销费用，将退税款付给工厂，但是不能开在销货发票里。
对于此类业务，你们要考虑的很多，稍有马虎，会“倒贴”。举例说明——
假如工厂出口货值是10000元，税率是17%，退税率是13%，工厂开增值税专用发票10000。你说，应该给工厂多少退税款啊？是1300，还是....我们算一下：
不予免征和抵扣税额，做进项税额转出10000*（17%-13%）=400
借：销售成本 400
贷：应交税金——进项税额转出 400
相当于你要替代理的这笔出口业务增加的开支
进项税额10000/1.17*0.17=1452.99
隐性支出：通常情况下，收受外汇，除了有结汇汇率差（一般在1.5%左右），还有国外银行扣款，这笔费用，只能按照实际计算，不能预计。
所得税
购进货物时，成本是10000/1.17=8547.01，加上进项税额转出400，合计8947.01，账面毛利润为10000-8947.01=1052.99，代理公司一般是微利企业，所得税率是20%，因此所得税是210.6。（当然了，还没有计算其他费用，比如隐性支出）
退税额：出口收入*退税率=10000*13%=1300,1300<1452.99，因此退税额为1300，属于全额退税，免抵税额为0，因此无地税及附加）
按照以上内容，通过此代理业务，你的现金流入是：
10000+1300=11300（注意：出口收入中未扣除汇兑损益及国外扣款等隐性支出）
你的现金流出是：
10000+400+210.6=10610.6
因此，应该支付给工厂的数额，应该小于11300-10610.6=689.4！而不是1300。
外贸出口退税发票怎么开外贸出企业口发票开具步骤如下
打开开票软件，输入账户名称及密码，进入开票系统界面
点左上角的发票管理，然后选择对应的发票种类
进入填写发票界面，根据实际情况将发票信息填写齐全。并点左上角的保存按纽
进入打印软件界面，打印发票。