如果会计利润是负数，也就意味着公司出现了亏损。在汇算清缴中，可以将这个亏损数额算作公司的税前扣除项目，从而降低公司实际所需缴纳的企业所得税。具体操作流程如下：
首先，需要确认会计利润数额是否属于法定扣除范围，如果属于，那么可以直接将其记入税前扣除项目中。
如果会计利润是因为特殊业务或交易引起的，需要对这些特殊业务或交易进行纳税调整。在汇算清缴中，可以利用税务部门提供的相关纳税调整表进行申报。
如果会计利润亏损数额较大，可以在下一年度进行 结转，即将亏损部分轧至下一年度的企业所得税结算中，以减少公司未来的企业所得税负担。
需要注意的是，汇算清缴的具体操作流程可能因地区和年份而略有不同，公司可以根据当地税务部门的相关政策进行具体操作。另外，公司如果对汇算清缴流程不熟悉，可以考虑请专业的税务顾问协助操作。