税务风险识别的主要思路可以分为两类，一是通过纳税能力估算（也称为税收流失估算或征收率估算）识别风险，称之为税收能力估算法；二是通过一些关键指标的纵向或横向比较，分析其异常变动及发展趋势发现某地区、某税种、某行业或某企业存在的税收风险，称之为关键指标判别法。
（一）税收能力估算法
税收能力估算是一种税收风险宏观识别方法，主要关注国家、地区、税种、行业、纳税人的潜在税收，进而分析税收流失状况、风险程度，以及变动趋势。税收能力估算的结果不仅可以应用于风险识别，还可以应用于税收预测、政策效应评估等方面。
自上而下法
即利用GDP等宏观统计数据，根据税收政策和应用税收经济学、统计学和国民经济核算等学科相关原理、模型和方法估算税收能力的方法。
主要有两种思路，一是寻找宏观统计数据中与税基比较接近的指标（称为代理性税基），然后根据税收政策规定的抵免、优惠的情况调整数据，进而估算税收能力。常用的方法主要有投入产出法、增加值法和可计算一般均衡（CGE）模型法等。我国已经应用投入产出法和增加值法开展增值税收入能力估算；二是根据税收与经济的关系，应用税收经济模型，利用宏观经济面板数据或时间序列数据估算税收收入能力，常用的方法主要有随机边界模型法、数据包络模型法以及税柄法等。这几种方法主要应用于国家或地区总体税收能力估算。
优点：
①数据收集整理成本较小。
②操作上相对简单。
缺点：
①很难确定是否包括了地下经济和非法经济活动。
②假设条件较多，有些税收政策无法体现。
③无法提供比较详细的信息。
大企业税务风险管理指引的税务风险识别和评估企业应全面、系统、持续地收集内部和外部相关信息，结合实际情况，通过风险识别、风险分析、风险评价等步骤，查找企业经营活动及其业务流程中的税务风险，分析和描述风险发生的可能性和条件，评价风险对企业实现税务管理目标的影响程度，从而确定风险管理的优先顺序和策略。企业应结合自身税务风险管理机制和实际经营情况，重点识别下列税务风险因素：董事会、监事会等企业治理层以及管理层的税收遵从意识和对待税务风险的态度；涉税员工的职业操守和专业胜任能力；组织机构、经营方式和业务流程；技术投入和信息技术的运用；财务状况、经营成果及现金流情况；相关内部控制制度的设计和执行；经济形势、产业政策、市场竞争及行业惯例；法律法规和监管要求；其他有关风险因素。3.2 企业应定期进行税务风险评估。税务风险评估由企业税务部门协同相关职能部门实施，也可聘请具有相关资质和专业能力的中介机构协助实施。3.3 企业应对税务风险实行动态管理，及时识别和评估原有风险的变化情况以及新产生的税务风险。
对纳税人的纳税评估可以采取的方法是对纳税人的纳税评估可以采取的方法是：
评估分析预警风险点，对筛选出来的异常情况进行深入分析并作出定性和定量性的判断；
进行税务约谈；
进行实地调查核实；
处理处罚；
提出管理建议；
移交税务稽查部门查处。