海关增值税抵扣申报流程是：可以通过勾选认证的方式或者去税局大厅扫描认证的方式抵扣，在填写增值税申报表的时候，在增值税申报表附表二的相应栏次填写海关进口增值税专用缴款书注明的税额抵扣销项税额。账务处理是
借：库存商品或原材料
应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款等科目。
海关增值税发票怎么抵扣法律主观：增值税 抵扣期限：90天。 增值税一般纳税人，在收到增值税专用发票后，在发票开具日期起180天之内认证，可以抵扣进项税，当期够抵扣不完的，可以留抵。 根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》(国税发[2003]17号)规定： 1、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。 2、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。 注：如果 企业清算 、注销，要将没有抵扣完的留抵额做进项税额转出。
增值税海关进口发票抵扣流程海关进口增值税专用缴款书认证抵扣流程：提供海关进口增值税专用缴款书，去所属税务分局进行扫描认证，然后申报抵扣。
取得海关进口增值税专用缴款书的时候账务处理是
借：库存商品或原材料
应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款等科目。