要看两个店是在什么样的地方，是什么关系了，办理的工商营业执照是独立法人的营业执照还是分支机构的营业执照，根据现在的税地规定，营业税是属地管理原则，就地缴纳。
如果你两个连锁店办理的是分支机构的营业执照，那么企业所得税是法人纳税，年底汇算清缴的时候，分支机构分摊的原则进行纳税。
税务登记证是多个，根据税务机关的编码规则，你的税务登记证号最后是以“－1”及“－2”等来区别的。
企业如何办理税务登记法律主观：一、企业怎么办理税务登记领取执照后，规定期限内到当地税务局申请领取税务登记证。一般的公司都需要办理2种税务登记证，即国税和地税。办理税务登记证时，必须有一个会计，因为税务局要求提交的资料其中有一项是会计资格证和身份证。小公司可以先请一个兼职会计。1、自领取工商营业执照(含临时工商营业执照)之日起规定期限内申报办理税务登记，税务机关合法税务登记证和副本(纳税人领取零食工商营业执照的，税务机关核发临时税务登记证及副本)2、纳税人未办理工商营业执照但经有关部门批准设立的，应当自有关部门批准设立之日起规定期限内申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本。3、纳税人未办理工商营业执照也未经有管部门批准设立的，应当自纳税义务发生之日起规定期限内申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本。4、有独立的生产经营权、在财务上独立核算并定期向发包人或者出租人上交承包费或租金的承包承租人，应当自承包承租合同签订之日起规定期限内，向其承包承租业务发生地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本。5、从事生产、经营的纳税人外出经营，自其在同一县(市)实际经营或提供劳务之日起，在连续的规定期限内累计超过180天的，应当自期满之日起30日内，向生产、经营所在地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本。6、境外企业在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探工程和提供劳务的，应当自项目合同或协议签订之日起规定期限内。向项目所在地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本。二、个体工商户交税优惠政策1、残疾人员个人为社会提供的劳务，经批准可免征营业税。2、对残疾、孤老人员和烈属本人从事个体工商户的生产、经营所得和劳务报酬所得，报经市县地方税务局批准，给予减征50%-90%个人所得税的照顾。3、个体工商户因严重自然灾害造成重点损失的，其生产经营所得，经市县地方税务局确定，可在1-3年内给予适当减征个人所得税的照顾。4、对国有企业下岗职工从事个体工商经营、家庭手工业的，经地税部门审核批准，可免征个人所得税1年。城镇集体企业的下岗职工可以比照执行。5、下岗职工从事社区居民服务业享受的参考具体税收优惠政策。6、退役士兵自谋职业，从事社区居民服务业的，比照下岗职工从事社区居民服务业享受的税收优惠政策执行。退役士兵须持当地人民政府退役士兵安置部门核发的自谋职业证明材料到当地主管税务机关按规定办理减免税手续。7、从事个体经营的随军家属，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税和个体所得税。8、下岗职工从事个体经营的，凭职工下岗证，经核实经营执照、身份证后，可免收办(换)税务登记证工本费。9、凡个人开办的、经地市级以上人民政府或者同级人民政府的教育行政部门批准成立的、国家承认学员学历的各类全日制普通学校，个人举办的托儿所、幼儿园、养老院、婚姻介绍所免征营业税；个人举办的学校、托儿所、幼儿园自用的土地免征城镇土地使用税。10、个人投资建立的为高校学生提供住宿服务，并按高教系统统一收费标准收取租金的学生公寓，其取得的租金收入，自2000年起至2002年底止3年内免征营业税。11、个人经营的营利性医疗机构取得的医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，至2003年7月止3年内免征营业税。其自用的房产、土地、车船至2003年7月止3年内免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
法律客观：《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。
如何办理税务登记（个体经营、个人合伙企业）应提供的资料: (一)个体工商户 1.营业执照或其他核准执业证件、许可证的原件及复印件； 2.《税务登记表》、《房屋、土地、车船情况登记表》（一式二份）； 3.房产证明（产权证、租赁协议）原件及复印件； 如为自有房产，须提供产权或买卖契约等合法的产权证明原件及其复印件；土地使用证及机动车辆行驶证复印件； 如为租赁的场所，须提供租赁协议原件及复印件，出租人为自然人的还须提供产权证明的复印件； 4.业主居民身份证或其他证明身份的合法证件原件及其复印件； 5.主管税务机关要求提供的其他证件资料。
(二)个人合伙企业 1.营业执照或其他核准执业证件、许可证的原件及复印件； 2.《税务登记表》、《房屋、土地、车船情况登记表》（一式二份）； 3.房产证明（产权证、租赁协议）原件及复印件； 如为自有房产，须提供产权或买卖契约等合法的产权证明原件及其复印件；土地使用证及机动车辆行驶证复印件； 如为租赁的场所，须提供租赁协议原件及复印件、土地使用证、机动车行驶证复印件；出租人为自然人的还须提供产权证明的复印件； 4.组织机构代码证书副本原件及其复印件； 5.负责人居民身份证、护照或其他证明身份的合法证件原件及其复印件。