社保和医保的缴费基数，在大多数情形下基本上都是相同的，最近几年由于社会保险部门和医疗保障部门根据机构改革的要求进行了分设，在县级及以上机关，分别设立了社会保险机构和医疗保障机构，医疗保险业务从社保局划到了医保局。属于社会保险的三项保险，比如基本养老保险、失业保险、工伤保险的缴费基数，是由当地人社局和财政局、税务局联合公布。
生育险的的缴费基数是由医保局、财政局、税务局联合公布，但不管是社保的缴费基数，还是医疗保险的缴费基数，总体上都是按照上年度在岗职工月平均工资作为参照，只是在制定社保的缴费基数和医保的缴费基数时，进行了技术上的修正，总体上差别不是很大。
虽然社保部门和医保部门公布的缴费基数不一致，但是对于在岗职工来讲这是不受影响的，不管养老保险还是医疗保险，用人单位都是按照上年度本单位在岗职工工资总额来作为缴费基数，职工个人都是按照本人的实际工资来作为缴费基数，只有当本人的实际工资低于上年度职工月平均工资的60%时，才能按照上年度职工月平均工资的60%来作为缴费基数；当本人的实际工资高于上年度职工月平均工资的300%时，只能按照上年度职工月平均工资的300%来作为缴费基数，高出300%的部分不计算为缴费基数，这个要求不管是社保还是医保的规定都是基本相同的。
灵活就业人员由于都是按照社保部门公布的养老保险的缴费基数缴纳养老保险，按照医保部门公布的缴费基数缴纳医疗保险，在有的地方由于二者的缴费基数不一样，所以灵活就业人员缴纳社保和医保的缴费基数是不完全一致的，但这不影响今后办理退休。办理退休涉及到养老金的计算主要是养老保险部分。
养老金的计算主要涉及到缴费基数，缴费年限、个人账户资金余额、上年度职工月平均工资等因素。而这里的缴费基数主要是养老保险的缴费基数，和医疗保险的缴费基数是没有关系的。
医疗保险的缴费基数也不影响医保的退休待遇，医保的退休待遇主要是根据医保的缴费年限来决定的，比如男性累计缴费年限达到了30年，女性累计缴费年限达到了25年，只要是办理了养老保险的退休，不用再缴纳医疗保险，终身享受医疗保险的医疗报销待遇，也就是大家所说的医保退休。
综上所述，社保的缴费基数和医保的缴费基数不一致不会影响按时办理退休。只要养老保险的缴费年限达到最低的缴费15年，达到法定的退休年龄就能按时办理退休，按月领取基本养老金；在办理退休时只要医疗保险的缴费年限达到国家的规定的缴费年限，不再缴纳医疗保险终身享受医疗保险的医疗报销待遇。