海关增值税抵扣申报流程是：可以通过勾选认证的方式或者去税局大厅扫描认证的方式抵扣，在填写增值税申报表的时候，在增值税申报表附表二的相应栏次填写海关进口增值税专用缴款书注明的税额抵扣销项税额。账务处理是
借：库存商品或原材料
应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款等科目。
纳税人进口应税消费品在报关时应向税务机关申报缴纳增值税和消费纳税人进口应税消费品在报关时应向税务机关申报缴纳增值税和消费，由委托方向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税。
根据查询相关公开信息：纳税人进口应税消费品在报关时应向税务机关申报缴纳增值税和消费，由委托方向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税，进口应税消费品由进口人或代理人向报关地海关纳税，纳税人到外县(市)销售或委托外县，应当分别向各自机构所在地的主管税务机关申报纳税。
国家税务总局或者授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳消费税。
进口企业申报纳税流程进口企业申报纳税流程跟其他公司报税一样,就是抵扣是其他公司用专用发票抵扣,公司用海关进口完税凭证抵扣.其他一样.1、抄税报税:一般情况下,抄税日期为每月8日以前,增值税报税日期为10日以前,所得税为15日以前.一般纳税人可以通过税控盘进行抄报税处理,或者直接到办税厅抄报,向税务机关上传上月开票数据.2、纳税申报:一般纳税人需登录网上申报软件进行网上申报.我们可以通过税务部门的网上纳税申报系统,将已经在主管税务机关认证过的相关发票数据导入系统.如果有其他扣税凭证数据,则需要手工录入.在此之后,网上申报系统会生成纳税申报资料,我们需要将其导出并加以保存.需要注意的是,如果有税款产生,则需要在网上申报系统里面进行缴款申请.3、清卡处理:在申报纳税成功后,一般纳税人企业需要进行最后的清卡处理步骤.这时一般纳税人报税已处理成功.进口货物复出口的退税据《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》财税[2012]39号的规定:1、外贸企业购进按简易办法征税的出口货物、从小规模纳税人购进的出口货物,其退税率分别为简易办法实际执行的征收率、小规模纳税人征收率.上述出口货物取得增值税专用发票的,退税率按照增值税专用发票上的税率和出口货物退税率孰低的原则确定.2、外贸企业出口货物(委托加工修理修配货物除外)增值税退(免)税的计税依据,为购进出口货物的增值税专用发票注明的金额或海关进口增值税专用缴款书注明的完税价格.上述情况,进口增值税与国内采购承担的增值税额,其退税方式是一样的.进口企业申报纳税流程如上,如果企业只是进口,没有涉及到出口就可以按照本文介绍的流程来完成报税手续.如果企业是属于进出口企业,那在报税上可比本文介绍的复杂的多,另外还有进口退税等等情况,到时候财务可以来网站了解清楚.。