纸质发票作废流程如下：1、选择“发票管理/发票开具管理/已开发票作废”菜单；2、选中要作废的那张发票；3、点击“作废”按钮；4、系统弹出“作废确认”提示，“是否真要作废发票”；5、点“确认”按钮，已开发票作废成功。
开发票的流程如下：1、登陆开票软件，点击开票系统里的发票填开；2、选择购货方的名称、税务登记证号、地址电话、开户行和账号；3、选择货物的名称，有规格型号的话再选择具体型号，单位是自动的（之前要先设置），输入数量，在含税状态下输入含税单价，再点击不含税的按钮自动转成不含税价；4、然后核对下你的价税合计，准确无误后打印，注意打印时密码要在密码区里不能超出密码框可以先打在白纸上，调整好打印线后再正式打印。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
纸质空白发票作废怎么操作纸质空白发票作废的操作步骤：1、功能菜单依次选择【开票业务】－【纸质发票业务】－【纸质发票作废】；2、共有填开作废，空白发票作废，作废记录查询三个页签；3、选择空白发票作废页签，勾选所需作废的发票后，点击批量作废；4、或单独点击操作列的作废，弹出发票作废页面；5、选择作废原因后，点击提交按钮；6、系统完成作废发票规则校验后，弹出发票作废执行结果提示框。
网上发票的认证方法：1、登录：企业纳税人需使用可以链接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台；2、确认完善信息：设定平台密码，确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题；3、勾选并保存：通过发票勾选或批量勾选模块，根据需要选择发票进行勾选操作，并保存；4、手工数据确认：企业纳税人需要在每个税款所属档期对已勾选保存未确认的数据进行确认操作，且每期可以进行多次勾选、多次确认；5、数据汇集及抵扣统计：企业纳税人可以通过实时通过抵扣统计模块查询当期已认证的所有发票数据，作为当期可以进行申报抵扣的依据。
【法律依据】：《中华人民共和国发票管理办法》第二十七条开具发票的单位和个人应当建立发票使用登记制度，设置发票登记簿，并定期向主管税务机关报告发票使用情况。
第二十八条 开具发票的单位和个人应当在办理变更或者注销税务登记的同时，办理发票和发票领购簿的变更、缴销手续。
开出的发票应怎样作废常见的发票作废情况主要有以下三种：
用票单位和个人开发票后，若发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明作废字样或者取得对方有效凭证。
开具发票时发生错误、误填等情况需要重开发票的，在原发票上注明作废字样后，重新开具。
发生销售折让的，在收回原发票并注明作废字样后，重新开具销售发票；需要注意，开具专用发票填写有误的，应当另行开具，并在误填的专用发票上注明误填作废。
增值税发票作废：
作废增值税专用发票要在开票系统里作废，在发票填开窗口有发票作废一栏，单点需要作废的发票，再点击作废按钮，发票则在税务系统里作废；然后对纸质发票作废，若单位有作废章，可盖章作废，若单位没有作废章，可直接用笔写在发票上，然后将作废的三联发票保管好，留单位备查。
作废发票必须是当月的发票，若跨月的发票，不能作废，只能采取开红字的方式冲掉该发票。