法律主观：增值税专用发票的认证方式有三种，分别是：一、网上平台勾选认证。（一）登录。纳税人使用可以连接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台。（二）确认完善信息，设定平台密码。确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题。（三）勾选并保存。通过“发票勾选”或“批量勾选”模块，根据需要选择发票进行勾选操作，并保存。（四）手工数据确认。纳税人需要在每个税款所属当期对已勾选保存未确认的数据进行确认操作，且每期可以进行多次勾选、多次确认。（五）数据汇集和抵扣统计。纳税人可以实时通过抵扣统计模块查询当期已认证的所有发票数据，作为当期进行申报抵扣的依据。二、通过自助办税终端扫描认证；三、税务大厅窗口人工认证。
法律客观：《中华人民共和国发票管理办法》第二十条所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
如何勾选认证增值税专用发票首先用浏览器进入增值税发票综合服务平台,安上税盘并输入证书密码登录。
接着在抵扣勾选菜单栏下找到发票抵扣勾选,点击并进入。
进入发票勾选页面后,确定好发票开票日期后,点击查询按钮,如下图所示。
查询完后,在页面下方可以看到已开具的发票,将想要认证的发票进行勾选后提交。
接着会跳出勾选信息确认框,核对后点击确认即可。
回到第二步,还是抵扣勾选菜单栏下,这次选择抵扣勾选统计,点击并进入。
可以看到这个页面一共有三步,操作完这三步增值税专用发票勾选认证就完成了,如下图所示。
抵扣发票认证怎么操作抵扣发票操作流程如下：1、纳税人在收到增值税进项税发票后首先需要查看抵扣联第一联和发票联第二联是否齐全，核查开票的内容是否真实、正确，并检查是否有加盖单位发票专用章；2、在检查无误后再带上抵扣联去税务局认证，由税务局工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对。
认证完成后，税务机关工作人员会归还抵扣联，并知识出一式两联的增值税发票认证结果清单和认证结果通知书，需要纳税人盖上放在窗口的认证专用章。
关于抵扣的相关知识：1、抵扣在国内一般意义上讲即增值税抵扣，是一个经济学名词；2、只有增值税才有抵扣之说。
所谓增值税就是对增值部分收税，比方买的货物，对方开的增值税专用发票，付出去的款项是价格+进项税；卖出商品，给对方开的增值税票，也是价格+销项税，纳税额只有增值税专用发票才可以抵扣，普通发票是无法抵扣的；3、增值税抵扣：应知识的税费=销项税-进项税。
综上所述，发票认证是企业在进行增值税纳税申报时必须要进行的步骤。
以上介绍的认证流程以及相关知识，可以帮助企业更好地确保顺利完成增值税纳税申报抵扣工作，提高企业的税务合规性和经济效益。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产，以下统称应税销售行为，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。
应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额，当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
第九条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。