法律分析： 青苗补偿费的税前扣除目前没有相应文件明确,各地执行情况不一.有的地区只要取得该村村委会出具的印有财政监制章的合法收据即能入账,可在企业所得税前扣除;有的地区需要取得发票才可在企业所得税前扣除.有的地区要取得该村村委会出具的印有财政监制章的合法收据及双方补偿即能入账,可在企业所得税前扣除,有的地方税务机关可以开具青苗补偿费发票,建议您与当地主管税务机关联系确定.
法律依据： 《中华人民共和国发票管理办法》 第二十条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；特殊情况下由付款方向收款方开具发票。
《营业税暂行条例实施细则》 第十九条 支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证，农户取得的青苗补偿费不具有经营性质，不属于应税行为。
青苗补偿费是否需要发票青苗补偿费不属于增值税征收范围，公司和农户都无法申请开具增值税发票。企业支付青苗补偿费时，可以根据取得该村村委会出具的印有财政监制章的合法收据、双方补偿协议即能入账，其会计分录如下：
借：在建工程
贷：现金(银行存款)。
农作物补偿费可以开发票农作物补偿费不可以开发票的青苗补偿费并不属于需要开具发票的经营活动，合法凭证的界定也不是税务机关的职责，属于财政部门管辖的范围。
支付给农户的青苗补偿费的企业，可以结合补偿协议、相关政府部门文件等证明材料，以收款人的收款收据确认入账，主管税务部门将确认其为合法有效的凭证。
当然，如果由政府或者村委会代为发放青苗补偿金的话，也可以向代发单位索要由财政部门监制的行政事业单位收据。