正面回答物流公司税务筹划的12种方法：充分的运用国家的税收政策、设立个体工商户、企业可以转为高新技术企业、运用存货计价的方法、利用收入确认的具体时间、基本的扣除标准、企业可以转为小型企业、折旧方法、运用组织形式进行税务筹划、企业涉足特殊的行业，在进行筹划的时候，是可以合理节税、降低基本成本。
分析企业在进行税收筹划的时候，一定要选择合适自身税收问题的节税方案，并不是所有的节税方案都是符合自家企业的。
选用合理的节税方案，从而达到合理节税有效目的。
物流公司涉及哪些税种？1、增值税；2、企业所得税；3、印花税；4、物流公司的税务主管部门征税税种。
运输业税务筹划要避免陷入政策误区
以自有货车从事货物运输业务的生产企业，在纳税筹划中，最容易发生的是混淆兼营和混合销售的界限，仅从税负的高低考虑，将销售本企业产品时发生的运输收入从货物销售收入中分割出去，按兼营方式分别核算销售额，将运输收入作为营业税应税劳务申报缴纳营业税。这样做不仅达不到降低税负的目的，反而会形成纳税风险。因为以自有车辆运输本企业销售货物的行为属于混合销售业务，而非兼营业务，其运输环节的收入不论是否单独核算，都应并入货物销售额中缴纳增值税。
此外，虽然企业有兼营运输业务的项目，但与货物购买方仅签订一份包括运输收入的产品销售合同，却在进行会计账务处理时，人为地将货物销售额扣除一部分，作为运输收入单独核算缴纳营业税，这样做也会形成纳税风险。税务机关往往会将其视为混合销售要求缴纳增值税。
二、多角度考虑运输业务的税收筹划
首先，从整体收益角度考虑是否需要成立独立运输公司。
生产企业自有车辆，为避免混合销售业务缴纳增值税，可以根据运输车辆的多少及运输业务的大小，从整体收益角度进行论证，看是否可以通过设立运输公司节税。
如果生产企业将自有车辆单独成立运输公司，生产公司销售货物指定该运输公司负责运输，生产公司分别与运输公司签订货物运输合同，与购货单位签订购销合同。这样，运输公司只需缴纳3%的营业税，而生产公司则可抵扣运费7%的增值税，企业节税为7%-3%=4%。
若不设立运输公司，车辆的物耗则作增值税扣除。假设车辆可抵扣物耗金额为M，则物耗可抵扣税金为17%M，设销售额为N，扣税平衡点为M=4%N÷17%=23.53%N，在M＜23.53%N时，设立运输公司则有节税空间。
一般情况下，当自有车辆可抵扣的物耗大于23.53%时，自有车辆无需独立；若自有车辆可抵扣的物耗小于23.53%，可以考虑成立运输公司。但成立运输公司会有各种费用发生，如开办费、人工费用以及其他费用等等，所以，就生产企业来讲，是否以自有车辆设立运输公司，要看运输业务量，特别要计算对内的运输业务所产生的节税收益是否能保证运输公司的基本费用开支。
例如，某企业为增值税一般纳税人，主要生产、销售大米。2002年，为节省运输成本，公司购置了一批车辆。2002年销售大米实现收入5 000万元（不含税），在销售本单位产品时实现运输收入500万元。会计主管为节省税金支出，将运输业务视为兼营业务独立核算，缴纳营业税。已知该企业本年度增值税进项税额为455万元，其中运输车辆物耗可抵扣税金为30万元。
该企业会计计算本年度应纳流转税为：
5 000×13%-455+500×3%=210（万元）。
根据以上的分析，该企业对应纳税金的计算方法不正确，正确的应纳税金计算方法为：
（5 000+500÷1.13）×13%-455=252.5（万元）。
从节税考虑，该企业应成立运输公司，独立核算。
企业应纳增值税为：5 000×13%-(455-30+500×7%)=190（万元）。
运输公司应纳营业税为：500×3%=15（万元）。
以上方案共缴纳税金205万元，比企业在不成立运输公司的情况下少缴税金47.5万元，原因就是车辆可抵扣物耗金额为176万元，所占销售额的比例远远小于23.53%。
三、从支付运费方式的角度对运输业务进行筹划
企业无自有车辆，请外面的运输公司运输货物，这类业务一般有企业直接支付运费或代购货方垫付运费两种形式。要降低税负，可以采用代垫运费的方式进行操作。企业以正常的产品价格与购货方签订产品购销合同，并商定：运输公司的运输发票直接开给购货方，并由企业将该项发票转交给购货方，企业为购货方代垫运费。另一方面，与运输公司签订代办运输合同，企业在货物运到后向运输公司支付代垫运费。这样，企业就可以节省运费收入10%的税金。
例如，某生产水泥企业（增值税一般纳税人）与购货方签订销售合同，水泥以每吨280元卖给购货方，其中包含运输费用35元。该企业每年销售水泥10万吨。企业没有自有车辆，请运输公司运输产品，每吨运费为35元。企业进项税额为180万元（不含运输发票可抵扣的进项税额）。按这种方式，企业应纳增值税为：
100 000×280×17%-(1 800 000+100 000×35×7%)=
271.5（万元）。
如果企业和运输公司以代垫运费的方式签订运输合同，每吨价格为35元，同时对原销售合同进行修改，将代垫运费从销售价格中分离出来，水泥每吨价格从280元降为245元。这样处理后，企业整体利润并未减少，却可节约税金支出35万元。
物流公司税务筹划有多少种方法法律分析：1、转变经营方式巧筹划。
增值税一般纳税人在销售货物时一般是根据进销差价按照13%或者17%的税率缴税营业税应税劳务中的“服务业—代理”税目的税率仅为5%。
如果物流企业能够使自己从物资供应商的角色转变为销售代理商就可以实现节约税收的目的。
转变合同形式妙节税。
由于季节性工作量的差异，物流企业往往将部分闲置的机器设备出租。
按照税法规定，财产租赁应按“服务业—租赁”5%的税率缴纳营业税，如能按照装卸作业则只需按照“交通运输业”缴纳3%的营业税。
分别核算好处多。
根据相关规定，对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业开展物流业务应按其收入性质分别核算。
提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。
凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。
法律依据：《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》第三条(1)单位和个人提供营业税应税劳务、转让无形资产和销售不动产发生退款，凡该项退款已征收过营业税的，允许退还已征税款，也可以从纳税人以后的营业额中减除。
(2)单位和个人在提供营业税应税劳务、转让无形资产、销售不动产时，如果将价款与折扣额在同一张发票上注明的，以折扣后的价款为营业额果将折扣额另开发票的，不论其在财务上如何处理，均不得从营业额中减除。