注册税务师协会与税务代理机构和税务机关区别有如下3点：
组织性质的不同。 注册税务师协会是由民政局批准的社团组织；而税务代理机构是经税务局批准以及在工商登记领取营业执照的法人组织；税务机关是由国家设立的行政机关。
工作任务的不同。 注册税务师协会的工作任务是为税务会计师事务所及其成员提供行业指导、监督管理，配合税务管理部门的工作。税务机关的工作任务，是纳税人或者扣缴义务人委托其代为办理税务事项的总称。税务机关的任务是起草税收法律法规、税收征管工作。
权利来的源不同。 注册税务师协会的权利来源于该协会的章程。税务机关的权力来源于委托人的委托；税务机关的权益来源于税收法律、法规。