详细处理办法如下：
对方已将发票认证，信息已上传，无法删除，而却误作废，稽核系统将出现比对不符，总局将肯定会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》下发核查信息给购货方的主管税务机关核实原因的。
因为纳税义务已发生，销售方应将误作废发票相关的收入，作为“未开票收入”如实申报交税。
如果购货方已将该发票申报抵扣，按规定，其主管税务机关应通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》向销售方主管税务机关发出协查信息；
销售方主管税务机关到销售方实地核实发票作废原因以及抄报税情况，并通过系统回函购货方主管税务机关。购货方主管税务机关视回函情况依法进行处理。
按规定：如果销售方是误操作作废并已如实申报交税的，则购货方可以将发票抵扣进项税额，不需要转出，也不需要重开发票了。如果不同时符合“误操作作废并已如实申报交税”的条件，主管税务机关将要求购货方必须作进项转出处理，购货方在补税后可要求销售方重开发票。这样也可以堵住销售方少交税的漏洞。所以销售方如实交税很重要。
另外，关键还要看当地税务人员对相关文件的理解程度，执行文件是否规范。为保险起见，购货方主管税务机关一般都会要求其作转出处理的，那就肯定得重开发票了，这样一来，如果销售方前面已作为“未开票收入”如实交税，再申报时就只能填列一笔同样金额的负数冲回了。