这是一个存在争议的问题。
有观点认为：通过核定征收方式确定纳税人应纳税额是退而求其次的方式。核定征收纳税人应纳税额是在缺少事实证据的情况下确定的。以核定征收税额为依据实施处罚不符合《行政处罚法》的立法原意。在司法诉讼层面税务机关承担着很大的败诉风险。其代表观点参阅中国税务报2008.07.30 张文华作品《以核定税额为依据进行处罚有很大风险》 在稽查实践中，很多地市是对采取了偷税手段的企业实行核定征收税款并进行处罚。比较有代表性的是北京市地方税务局，他们在国家税务总局的眼皮底下执法，曾数次在中国税务报上刊登对企业核定征收税款后的处罚告知书。