深化内控管理制度改革，是新时期企业改革发展的着力点。特别是在税务制度改革的当前，如何更好地适应新的环境，直接关系到企业的可持续发展。目前我国全面推行“营改增”已有一段时间了，这不仅是税种的调整，税率的变化，也是要求企业重塑内控的流程，防范税务风险。因此，如何更好地适应新的税务制度，提高增值税管理，十分重要，针对目前企业增值税管理的不足，提出几点建议
完善以内控管理为目标的制度建设
根据企业内部控制原则，要求规范制度管理和流程再造。国家对增值税发票的管理有严格的制度，在发票的开具上有一整套完善的税控开票系统，这是外部环境。因此，对于现代企业而言，应基于内控管理为目标，不断地完善制度建设，夯实良好的内外环境。一方面，新的税制制度，强调现代企业要适应新的制度要求，强化增值税管理；另一方面，要重视制度建设，依托制度强化内控管理。
从内部环境来说每个企业都需要有一整套，针对增值税发票开具的内部管理制度。首先，企业组织人员进行“营改增”的内部培训，修订完善业务管理流程，编制税收管理指引，增设增值税管理岗位和人员，及时接受税务机关的指导。其次，规范增值税发票的取得、保管、开具、存档、缴销管理；明确涉税事项的计算、申报、认证、抵扣、和申报等工作，确保增值税发票合规合法。
合理运用税收政策，加强票据的内部控制环节
国家将征收营业税的企业改为征收增值税，这是国家给企业的优惠政策，如何运用好这个政策也是需要我们思考的问题。企业“营改增”后，一般纳税人依据当期销项税减当期进项税后，有余额则需缴纳增值税，因而销项税发票的开具和进项税发票的取得就成为重要的控制环节了。也就是说，合理运用税收政策，是加强票据内控管理的重要途径，更是企业适应营改增改革的有力保障。
因此，企业能否够取得进项税发票对企业税负影响是很大的，这样就要求企业在材料采购、对外服务时，要选择能够开具增值税专用发票的公司，同时还要注意进项税发票取得时的时间，避免出现集中抵扣或无抵扣的现象。
企业要根据内部控制制度的要求，在增值税发票开具上制定了严格开票机制，设计出符合本单位内容流程申请表，明确开票手续。特别是要加强增值税发票的退换管理。增值税发票是由税务机关提供的防伪税控系统开具的，因此，退换增值税发票的手续十分繁琐，所以要建立起严格的内控管理制度，对已开出的增值税发票无正当理由、手续不齐全、超过180天的不得退换、特别强调未经税务部门批准不得重新开具增值税发票。这样才能从制度上规范增值税发票的管理，从而降低税务风险。
根据内控要求建立健全税务管理系统，优化业务流程
企业要建立增值税票据管理系统，以信息化为手段，按内部控制的要求，优化业务流程，将增值税发票的管理，合同收入的确认，销项税额的计算结合起来，把进项税发票的认证、抵扣、应纳税额的计算及涉税的支出结合起来，实现票据、采购、核算、纳税的信息化管理与服务，提高财务核算的准确性，减少税务风险。建立增值税信息管理系统，实时控制增值税业务流程，实现财务、税务、业务的协同管理，进而实现更加科学有效的增值税管理。
以“营改增”为契机，进一步完善税收筹划
企业税负的减轻，从不同程度上增强了企业可持续发展的能力，推动了技术的创新，从长远的角度看，“营改增”关系到企业的战略决策，为企业的发展奠定基础。
“营改增”具有很强的导向性，应当合理地利用相关政策，结合销项税、进项税、抵扣时间等实际情况，制订出最优税收筹方案，从而达到进一步减轻税负的目的。
如高校或科研院所可以按照科研项目进行值增税的管理，因为科研项目在立项时就已经确认是否需要开具增值税发票，是否可以抵扣，因此，在建立科研项目时就将能否抵税的标识嵌入到科研项目名称中，这样使得项目管理人员可以根据科研项目信息来判断是否是抵税，从而为以后的财务核算和税收筹划奠定基础，做到科研项目纳税与抵扣相匹配，降低企业税负，提高资金的利用率。
对企业来说增值税发票管理要形成真正的一套有力的内部控制体系，实现全方位的控制，同时，风险管控的手段要与时俱进，要关注到发票控制的每一个关键节点，切实做到全过程控制，即内部控制的原则要贯穿于内部控制的始终，这样才能取得理想的效果。风险管控应确保全面性、有效性，为增值发票管理创造良好的内部环境，并且科学规避风险，提高生产经营的稳定性。
总而言之，基于内部控制角度，谈增值税管理，强调管理内控机制的建立，强化对营改增税制改革的适应。从建立健全税务管理系统入手，从完善税收筹划出发，搭建更加良好的管理环境，建立更加完善的内控制度，确保科学有效的增值税管理。
如何落实《土地增值税管理规程》积极征收土地增值税，对于增加地方财政收入，优化地方财政收入结构具有积极作用。但由于其计算方式较为复杂，项目运作制增加了清算的难度，中介机构出具的鉴证报告不规范等原因影响了清算工作进展。为加强土地增值税征收管理，规范土地增值税清算工作，近期，北京市地方税务局制定了《北京市地方税务局土地增值税清算管理规程》，自2016年7月1日起实施。
对比新旧政策的变化，增加了“项目管理”、“核定征收”、“税收优惠管理”、“清算审核期间及清算后再转让房地产的处理”、“监督管理”等内容，进一步强化了土地增值税清算各环节的要求，初步解决了项目运作过程中房地产公司管理不规范的普遍问题，可以有效降低税务机关的征管成本。面对新规程的影响，企业应该注意有以下变化：
进一步增加政府执行力度。
新政策中增加了文件依据、明确了纳税人的责任和税务机关的工作范围，增加了项目管理相关规定、修改了土地增值税清算受理条件、明确了房地产项目竣工的定义，并首次明确了清算截止日的规定。
规范中介机构鉴证报告
新政策将《鉴证报告》的模板进行了调整，首次提出了企业自行申报使用《清算报告》模板。同时，中介机构的土地增值税鉴证服务，不做必需限定。而且申报材料有较大变化，比较明显的变化是材料清单增加“《清算报告》”、“当期财务会计报表”。删除了税务机关对清算报告进行审核的相关程序规定，删除了清算处罚内容，明确了税务中介机构的责任、权利和出具《鉴证报告》的相关规定。
细化收入计算方式
新政策明确了营改增之后收入的确认，将清算中扣除的成本、费用、配套设施等核算均作了细化规定。
怎样开展土地增值税清算管理工作（一）纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算：
1：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2：整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3：直接转让土地使用权的。
（二） 同时，对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2:取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
3:纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的,应在办理注销登记前进行土地增值税清算；
4:省（直辖市）税务机关规定的其他情况. 流程：
当项目符合清算条件时，向税局申请清算。
先做一个测算。
找一家税务师事务所帮忙出鉴证报告和申报表。这里找的税务师事务所的工作人员第一开始会按照比较严格的标准来给出底稿，要有足够的准备，得有好几个回合的沟通，达到要的标准又不触犯发售法规的情况下，同意让税务师事务所出报告，最好找两家以上的税务师事务所出鉴证。
出来鉴证之后，去税务局交相关资料。
税局会组织清算小组，会有好几个人，等他们人员都到齐了开始审核，中间会有很多的地方需要沟通的。
他们审核完毕，认了申报的数据或者认了他们清算出来的数据。
通知你交税，会下个通知单，15日之内把税交了就算结束了。