分公司的税收方法是，企业所得税可以在分公司所在地税务机关缴纳，也可以汇总后由总公司集中缴纳。分公司的流转税，必须在当地的税务机关核算缴纳，这个是流转税的基本原则。也就是到地税申报缴纳。现在基本上所有的城市国税地税申报都是网上申报，未开通网上申报的公司，可以凭借税务登记证营业执照，基本行开户许可证，基本行开户行信息等证件，到当地税务机关申请网上申报纳税。如果分公司跟总公司之间是非独立核算，那么，分公司的所有税种的申报，都必须由总公司汇总，由总公司申报。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条
固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。因此分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。
成立分公司如何纳税法律主观：分公司有两种形态，两种形态的纳税方式是不一样的：1、独立核算的分公司，财务是可以独立核算的，和母公司相对独立。分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。这种类型在计税时，分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率，分公司作为独立纳税人进行纳税。2、非独立核算的分公司，财务是不独立核算的，所有的收益和成本都计入母公司帐目。一般是办理了分公司手续后，总公司持总公司和分公司的税务登记证件到总公司的主管税务机关去开汇总纳税证明，将证明交分公司所在地主管税务机关即可。
设立分公司如何纳税设立分公司如何纳税1、对于分公司等分支机构,只要符合独立核算的条件,应单独申报缴纳企业所得税,适用经营所在地的企业所得税税率.2、计税时,分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率.3、分公司作为独立纳税人,经营期间形成的年度亏损在确定总公司的年度应税所得时不能抵减,其注销前形成的累计经营亏损在总公司账面反映为无法收回的其他应收款或应收账款4、总机构、分支机构不在同一征收区域的商业企业,不论其何时开业,一律按属地原则征税.跨征收区域的商品调拨,按《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条"视同销售"处理.同一征收区域内的总机构、分支机构可以汇总纳税,也可分别纳税.总分公司独立核算和非独立核算的区别是什么?实务中我们设立分公司后,首先需要考虑的问题就是分公司选择独立核算还是非独立核算.很多人认为非独立核算的分公司不用建账,这个理解其实是错误的.事实上,分公司采用独立核算或非独立核算只是税务上的规定.我们在进行分公司税务登记时要报备核算方式,备案登记时除一般资料外,登记为非独立核算的一般还需要由总部出具非独立核算的证明.而在会计上,无论分公司是否独立核算,都要求单独建账,区别在于非独立核算的分公司,所有账务需要汇总到总公司核算.1、独立核算独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算.一般情况下,在当地负有流转税纳税义务,需要登记为独立核算性质的分公司.简单来说,只要在当地从事经营活动的,都需要登记为独立核算分公司.2、非独立核算非独立核算又称报账制,它本身没有资本,其财产物资由上级单位拨付,也没有独立的银行账户,其一切收入均存入上级单位账户,一切支出也由上级单位审核支付.如果分支机构在当地不从事经营活动,只是负责联络、售后服务等业务,在当地不涉及流转税的缴纳,可以登记为非独立核算性质.判断独立核算和非独立核算的关键,在于分公司是否从事经营活动(销售货物或提供应税劳务),以及是否在当地缴纳增值税.。