1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
公司税务风险有哪些法律分析：企业税务风险主要包括两方面: 一方面是企业的纳税行为不符合税收法律法规的规定,应纳税而未纳税、少纳税,从而面临补税、罚款、加收滞纳金、刑罚处罚以及声誉损害等风险。 另一方面是企业经营行为适用税法不准确,没有用足有关优惠政策,多缴纳了税款,承担了不必要税收负担。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》
凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。税务登记的内容包括：纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。
企业的税务风险点及防控措施有哪些企业在自身经营的过程中，会有很多潜在的税务风险出现。企业在实际的管理过程中，对于可能出现的税务风险，一定要给予足够的重视。
税务风险点及防控措施 1、发票问题。 企业一定要注意发票的使用问题，企业的发票需要做到“四流一致”。 企业在使用或者开具发票时，一定要做到资金流、发票流、合同流、货物流相一致。这样才可以避免企业因为发票问题，被税务机关处罚。如果发票在四流一致的情况下，即使你的供应商出现了问题，你也能依靠真实的业务资料，解决你可能遇到的所有问题。 2、关联交易存在问题。 企业的关联交易，由于存在转移税负的可能，企业存在相关业务时，一定要按照市场正常价格进行。 企业的关联交易，很容易出现税务风险。毕竟，现在由于我们各地税收优惠的差异还是很大的。企业在关联交易中，可以通过不合理的定价方式，从而实现降低税负的目的。 企业为了避免这样的事情发生，在涉及关联业务的时候，一定要按照市场规则进行，而不能自己想怎么来，就怎么来。 3、印花税未据实申报的问题。 企业不能小看小税种，一定要有纳税意识。 印花税由于纳税金额比较小，有很多企业就会忽视印花税的问题。但是，我们企业的很多业务，还是需要缴纳印花税的。企业的财务人员在申报时，一定要据实申报印花税。如果你的企业没有申报过印花税，一定要尽快补上。
企业税务风险的特点有哪些? 企业的税务风险，主要来说还是利益在作祟。在这样的情况下，企业税务风险的特点还是很明显的。 主观故意。企业为了可以达到偷税的目地，不仅不会躲避风险，而且还是主动把企业置于风险之中。对此企业财务人员很无奈。 投资者为了追求利益，必然会游走在风险边缘。这就使企业的税务风险，充满了必然性。企业的投资者，为了可以达到利益最大化的目地，税务风险在面前一文不值。
建设税务风险预测机制的必然性 税收是国家的主要财政收入来源，国家需要加强企业税务风险的管控。现在我们已经进入了大数据的时代，企业的大数据可以展现很多我们不易察觉的信息。 在这样的情况下，我们需要依靠大数据来加强税务风险预测管理。这样税务机关就可以在第一时间，发现纳税人可能存在的问题。从而为了国家的税收征管工作，保驾护航。