通过增值税发票税控开票软件进行操作。
代办退税专用发票的开票方式，首先就是生产企业进入增值税发票税后，开票软件在系统设置委托代办退税企业进入。
增值税专用发票填开界面往上缴点击是否代办退税专用票就选择是，进入申报系统，填写相关的资料，带齐所需资料和电子数据到主管税务机关进行办理。
专用发票是供应增值税一般纳税人生产经营增值税增益税项目使用的一种特殊发票，也是发货票当中的一种。
帮工厂代理出口，退税归工厂，如何开票以及如何把退税款给工厂 在线等。遇到过这种情况。你们可以通过报销费用，将退税款付给工厂，但是不能开在销货发票里。
对于此类业务，你们要考虑的很多，稍有马虎，会“倒贴”。举例说明——
假如工厂出口货值是10000元，税率是17%，退税率是13%，工厂开增值税专用发票10000。你说，应该给工厂多少退税款啊？是1300，还是....我们算一下：
不予免征和抵扣税额，做进项税额转出10000*（17%-13%）=400
借：销售成本 400
贷：应交税金——进项税额转出 400
相当于你要替代理的这笔出口业务增加的开支
进项税额10000/1.17*0.17=1452.99
隐性支出：通常情况下，收受外汇，除了有结汇汇率差（一般在1.5%左右），还有国外银行扣款，这笔费用，只能按照实际计算，不能预计。
所得税
购进货物时，成本是10000/1.17=8547.01，加上进项税额转出400，合计8947.01，账面毛利润为10000-8947.01=1052.99，代理公司一般是微利企业，所得税率是20%，因此所得税是210.6。（当然了，还没有计算其他费用，比如隐性支出）
退税额：出口收入*退税率=10000*13%=1300,1300<1452.99，因此退税额为1300，属于全额退税，免抵税额为0，因此无地税及附加）
按照以上内容，通过此代理业务，你的现金流入是：
10000+1300=11300（注意：出口收入中未扣除汇兑损益及国外扣款等隐性支出）
你的现金流出是：
10000+400+210.6=10610.6
因此，应该支付给工厂的数额，应该小于11300-10610.6=689.4！而不是1300。
出口退税开票怎么开法律主观：出口退税证明如何开具办事单位1、生产企业：出口退税企业所在地县（市、区）级国家税务局（办税厅）2、外贸企业：出口退税企业所在地国家税务局进出口税收管理分局（处）或流转税科；办理条件凡经国家商务部及其授权单位赋予有出口经营资格的外贸企业、工贸企业、生产企业（包括外商投资企业）自营或委托代理出口的货物和特定退（免）税企业。办理程序（一）代理出口货物证明：生产企业和外贸企业委托其他外贸企业代理出口，受托企业向其主管退税机关申请开具“代理出口货物证明”时，应提供如下资料：1、代理出口货物报关单；2、出口收汇核销单（出口退税专用联），协议注明由委托方收汇的除外。3、代理出口协议。退税机关对上述资料及相关电子信息进行审核无误后，将出具《代理出口货物证明》。（二）补办报关单证明：出口企业因遗失等原因需补办出口货物报关单的，须在货物出口后90日内向主管退税机关提交申请报告，主管退税机关核查有关电子信息和已退税数据，确认未退税的，可出具补办报关单证明。（三）出口商品退运已补税证明：出口企业因商品退运需办税务证明的，须向主管退税机关提交申请报告、出口货物报关单、出口收汇核销单、出口发票等资料，主管退税机关核查相关电子信息，确认未退税的，可出具《出口商品退运已补税证明》，如已退税，应在追补已退税款后，再出具上述证明。（四）进料加工业务单证办理1、外贸企业进料加工业务的办理。（1）开展进料加工业务的外贸企业，需凭外经贸主管部门批准的“加工贸易业务批准证书”和《进料加工登记手册》向退税机关办理“进料加工业务”备案登记。（2）外贸企业以“进料加工”贸易方式减税进口原材料、零部件转售给其他企业加工时，应先填具“进料加工贸易申报表”，报经主管其退税的税务机关同意签章后再将此申报表报送主管其征税的税务机关，并据此在开具增值税专用发票时可按规定税率计算注明销售料件的税额，主管出口企业征税的税务机关对这部分销售料件的销售发票上的应缴税额不计征入库，而由主管退税的税务机关在办理出口退税时在退税额中扣抵。2、生产企业进料加工业务的办理。（1）进料加工业务的登记。开展进料加工业务的企业，在履行每份进料加工复出口合同第一次进料之前，应持进料加工贸易合同、海关核发的《进料加工登记手册》并填报《生产企业进料加工登记申报表》，向退税部门办理登记备案手续。（2）进料加工业务的申报，开展进料加工业务的生产企业在向退税部门申报办理“免抵退”税时，应同时填报《生产企业进料加工进口料件申报明细表》，申请出具《生产企业进料加工贸易免税证明》。（3）进料加工业务的核销。生产企业在《进料加工登记手册》最后一笔出口业务在海关核销之后、《进料加工登记手册》被海关收缴之前，需持手册原件、《进料加工海关登记手册核销申请表》到退税部门办理进料加工业务核销手续。（五）来料加工业务单证办理出口企业以“来料加工”贸易方式免税进口原材料、零部件后，凭海关核签的来料加工进口货物报关单和来料加工登记手册向主管其出口退税的税务机关办理“来料加工免税证明”，持此证明向主管其征税的税务机关申报办理免征其加工或委托加工货物及其工缴费的增值税、消费税。货物出口后，出口企业应凭来料加工出口货物报关单和海关已核销的来料加工登记手册、收汇凭证向主管出口退税的税务机关办理核销手续。逾期未核销的，主管出口退税的税务机关将会同海关和主管征税的税务机关及时予以补税和处罚。（六）补办出口收汇核销单证明企业对已往外汇局办理外汇核销手续，出口收汇核销单（出口退税专用）因故遗失需办《补办出口收汇核销单证明》的，应向退税机关提供报告、出口货物报关单（出口退税专用）、出口发票等资料，退税机关和对有关信息，确认未退税的，出具《补办出口收汇核销单证明》。办理时限对已受理的出口企业退税申报，除单证或信息不齐外，当月必须审批完结、办理退库手续是否收费不收费。以上就是出口退税证明如何开具的资料以及办理流程的法律信息。
法律客观：《海关进出口货物减免税管理办法》第五条有下列情形之一，主管海关不能在本条第一款规定期限内出具确认意见的，应当向减免税申请人说明理由：（二）需要对货物进行化验、鉴定等，以确定其是否符合有关进出口税收优惠政策规定的。有本条第二款规定情形的，主管海关应当自情形消除之日起10个工作日内，出具进出口货物征税、减税或者免税的确认意见，并制发《征免税确认通知书》。