如果工资扣税扣多了，可以向公司的人力资源部门提交调整申请，提供相关的纳税证明和个人所得税信息，让公司协助进行调整。
另外，也可以向当地税务部门咨询和申诉，提供相关证明和税务信息，让税务部门对扣税金额进行核查和调整。
需要注意的是，申请调整工资扣税需要提供相关的证明文件，如纳税证明等。
在申请过程中，要尽可能提供准确的信息和证明材料，避免出现不必要的麻烦。
个人所得税多扣了怎么办法律分析：（1）工资已经扣除多扣的部分，实务中有的是可以和员工沟通，同意后期申报收入调整，找平这笔，个税是按全年累计算的，整体不影响，会计可以先不做分录修正，备查簿中备查；
（2）工资已经扣除多扣的部分，员工想后期汇算退税的话或走申请退税流程到个人的话，可以更正申报当月数据即可，账务上不用做调整；
（3）工资没有扣除多扣的部分，更正前期申报数据，退税回单位，借：应交税费-个人所得税，贷：其他应付款-退税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第十一条 居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。
单位把个人所得税扣多了怎么办单位代扣个人所得税工资多扣了，解决措施如下：1、与公司协商。
公司扣工资的，应当说明扣工资的理由，甚至所依据的相关规章制度，且相关规章制度是已经过事前公开公示，否则，公司属于无正当理由克扣工资，属于无理的违法行为，职工可以要求公司全额支付工资及相应利息损失。
如协商不成的，可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决。
如仍未解决的，可以至当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁处理解决。
如劳动仲裁生效后，公司拒绝执行并拒付的，可以申请法院强制执。
拖欠工资的处罚：承担民事责任和行政责任，情节严重的，追究刑事责任。
用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或经济补偿金，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
用人单位低于当地最低工资标准支付劳动者工资的，应当支付其差额部分，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动报酬或有能力支付而不支付劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
法律依据:《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。
纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。