1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
企业如何进行税务风险评估？税务风险评估是企业税务管理的基础工作，其目的是评估企业税务遵从风险，发现潜在的税务风险，为企业税务管理提供有力的决策支持。具体步骤如下：
资料搜集：收集企业的税务登记证、业务合同、财务报表、税务申报表、纳税申报证明等相关资料。
分析资料：对收集到的资料进行全面分析，确定企业存在的税务风险点。
评估风险：对存在的税务风险点进行评估，确定其危害程度和发生概率，判断风险的严重程度。
制定对策：根据风险评估结果，制定相应的对策和措施，降低税务风险的发生概率。
实施对策：将制定好的对策和措施落实到实际操作中，确保企业的税务风险得以有效控制。
监测评估：对实施的对策和措施进行监测和评估，及时发现问题并进行调整，确保税务风险得到长期有效控制。
税务风险评估的具体步骤可以根据企业的实际情况进行适当调整，但核心是要全面、深入地了解企业税务情况，找出潜在的风险点，并采取有效措施进行控制和管理。
企业常见的税务风险有哪些类型企业税务风险主要包括两方面:一方面是企业的纳税行为不符合税收法律法规的规定,应纳税而未纳税、少纳税,从而面临补税、罚款、加收滞纳金、刑罚处罚以及声誉损害等风险。
另一方面是企业经营行为适用税法不准确,没有用足有关优惠政策,多缴纳了税款,承担了不必要税收负担。
企业不缴纳税收的风险、企业不按时缴纳足额税款的风险、以及税务发票风险；企业应当按照《税收征收管理法》、《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定定期足额缴纳应缴税款法律依据:《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》第六条凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机.关申报办理税务登记。
其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
第八条纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。
主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。
税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。
税务登记的内容包括:纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。
第二十六条 纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。