根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定：所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。
因此，贵公司在支付工程款时应当索取发票。
按照《营业税暂行条例》规定，建筑业劳务的纳税地点为建筑业劳务发生地缴纳营业税，因此，施工单位应当在建筑项目所在地开具发票或向建筑项目所在地主管地税机关申请代开发票。
代开发票的流程和资料要求：
纳税人到建筑项目所在地主管地税机关办税服务大厅领取并填写《代开发票申请表》一份
纳税人应提供资料
需出示的资料
1）申请代开发票人的合法身份证件
2）税务登记证（副本）原件、复印件
需报送的资料
1）付款方对建筑劳务品名、单价、金额等出具的书面确认证明，或建筑安装合同；
2）异地施工的，施工单位机构所在地主管地税机关开具的《外出经营活动税收管理证明》。
税务机关承诺时限
提供的资料完整、填写内容准确、各项手续齐全的，当场办结。
税务机关采取“先缴税、后开发票”办法，普遍采用一窗式服务，即，一个窗口完成缴税、代开发票事项。综合税率大约在5.8%左右，各地不一。