核定扣除农产品进项税：
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）规定，农产品增值税进项税额扣除率为销售货物的适用税率。
因此，2019年4月1日以后，如果你公司销售的货物适用增值税税率为13%，则对应的扣除率为13%；如果销售的货物适用增值税税率为9%，则扣除率为9%。
试点纳税人纳税申报时，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。
凭票扣除农产品进项税：
增值税一般纳税购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。
增值税一般纳税人从农业生产者购进农业生产者自产的农产品，可依据收购发票或免税的增值税普通发票，按票面金额*9%计算抵扣进项税；如果购入农产品用于加工适用13%税率的货物的，可以在领用时加计1%计算抵扣进项税。
国税网络申报系统上农产品收购抵扣汇总清单怎么填?打开国税网络申报系统进入申报表界面，上方菜单栏上有"新建"的地方，点开找到农产品收购抵扣汇总清单，先上期，点新建，可建立好农产品收购抵扣汇总清单表，在打开表填列数据就可了，数据自动生成到附表二及主表上。
购进农产品进项税额怎么计算，如何纳税申报？一般纳税人企业购进农产品，取得增值税专用发票、普通发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品销售发票以及农产品收购发票分别如何确认进项税额，以及如何纳税申报呢?
从一般纳税人手中采购农产品，取得9%税率的增值税专用发票，可以凭票抵扣，即直接认证抵扣;也可以选择计算抵扣。 准予抵扣的进项税额=不含税金额×扣除率 采购农产品用于一般货物的生产或直接销售的，适用的扣除率为9%;采购农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，扣除率为10%。 所以，如果纳税人 适用的扣除率为9%，则可以选择直接认证抵扣;如果扣除率为10%，则建议选择计算抵扣。 2、进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书 企业进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书，按照增值税专用缴款书上注明的税额抵扣增值税。 3、取得3%征收率的增值税专用发票 企业从小规模纳税取得自行开具或代开的3%征收率的增值税专用发票，直接对外销售农产品，按照发票上的金额(不含税)和9%的扣除率计算抵扣增值税;如果纳税人购进农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，可以按照10%的扣除率计算进项税额。 准予抵扣的进项税额=不含税金额×9%(或10%)=含税金额÷(1+3%)×9%(或10%) 需要注意，如果纳税人取得是增值税专用发票，企业采购农产品即用于普通货物生产或直接销售，有用于生产13%税率的货物且未分开核算的，则不得计算抵扣，只能凭发票认证抵扣，按照发票上注明的税额抵扣增值税。
取得一般纳税人或小规模纳税人销售自产免税农产品的普通发票 纳税人取得的是免税普通发票，具体能够计算抵扣，要看销售方销售的农产品是否为自产农产，如果是销售方企业自产免税农产品，销售方企业虽享受了免税，采购方企业同样可以计算抵扣，按照发票注明的买家和9%的扣除率计算准予抵扣的进项税，如果纳税人采购农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，按照10%的抵扣率计算。 即准予抵扣进项税额=买价×9%(10%) 如果销售方销售的农产品属于批发、零售享受免税的(非自产农产品)则不管是否有发票均不得计算抵扣。因为上一环节免税，下一环节可以计算抵扣增值税的，只是针对上一环节的纳税人是自产农产品销售方。 5、开具农产品收购发票或取得农产品销售发票 实务中，企业向农户直接采购农产品时，农户可能并不愿意去代开发票，企业作为收购方可以开具农产品收购发票，此时也可以计算抵扣进项税额。不管是农产品收购发票还是农产品销售发票均可以计算抵扣进项税额，但是大前提是销售方销售的是其自产的农产品，不是批发商或零售商。同样如果纳税人采用农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，按照10%的抵扣率计算，其他按照9%的抵扣率计算。 准予抵扣的进项税额=买价×9%(10%)
特殊农产品烟叶 如果纳税人采购的是烟叶，取得农产品收购发票或销售发票，准予抵扣的进项税额，不仅包括烟叶收购金额还包括缴纳的烟叶税。 其中烟叶收购金额既包括支付给烟叶销售者的烟叶收购价款也包括价外补贴(价外补贴为烟叶收购价款的10%)。缴纳的烟叶税=收购烟叶实际支付的价款总额×税率(20%)=(烟叶收购价款+价外补贴)×20%=(1+10%)×烟叶收购价款×20% 准予抵扣的进项税额=(收购烟叶实际支付的价款总额+烟叶税应纳税额)×扣除率 扣除率同样遵循一般9%，采购农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，扣除率为10%。 纳税申报 一般纳税人购进农产品在申报增值税及附加税，填列《增值税及附加税费申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细表)时，需要根据具体情况填列。如果纳税人取得的是增值税9个点的专用发票，直接认证抵扣了，则体现在“认证相符的增值税专用发票”项目下，如果取得的是3个点的增值税专用发票或企业购进农产品用于生产13%税率的货物时，建议不要认证，而选择计算抵扣，因为一旦认证抵扣，就不得再计算抵扣，这样实际少抵扣了增值税。
如果企业取得的是海关进口增值税专用缴款书，则填列在“其他扣税凭证”项目下“海关进口增值税专用缴款书”对应栏次;如果取得的是农产品销售发票或开具的农产品收购发票或取得的专票选择计算抵扣的，则填列在“农产品收购发票或农产品销售发票”对应栏次，需要注意这里的数据需要自行计算填列，根据企业实际情况，选择适用9%或10%的扣除率计算出税额。