如果在工资中按照出勤天数发放交通补贴，并且是以现金的形式，这就属于福利，均应计征个税。根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）中职工福利费的范围，此类补贴可以在企业所得税税前扣除。
建议企业可以将此类交通补贴直接以工资的形式发放，同样需要缴纳个税，但是不需要占用职工福利费的限额。
有些企业没有车，且要求员工凭加油票实报实销，这种做法很可能在税务稽查中被要求交个税。
但是如果企业在员工手册中明确，员工可以以实报实销形式获得交通补贴，不但可以免除个税，还能作为相关成本费用中的交通费在所得税税前扣除。