王某的年综合所得不超过12万元，汇算清缴时提示需要补缴488元。他可以选择交，也可以选择不交。但是，选择不交，一定要通过正确的操作。
正确的操作就是，在个税APP综合所得汇算清缴时，点击右上角“享受免申报”，就会显示：你已选择享受免申报，无需交款。就可以不用补缴这488元个税了。
因为按照规定，纳税人年度汇算需补税但年度综合所得收入不超过12万元，或者纳税人年度汇算需补税金额不超过400元的，可以选择享受免申报，选择该选项后就无需缴款。
但是，满足上述规定的前提条件必须是纳税人在2021年度已依法预缴个人所得税，即个人已经预缴个人所得税，或者依法由扣缴义务人代扣代缴或者预扣预缴个人所得税。
所以，王某的年综合所得不超过12万元，汇算清缴时应补缴税额虽然超过了400元，但是符合“纳税人年度汇算需补税但年度综合所得收入不超过12万元”这个条件，所以，完全可以不用补缴这488元个税的。当然，王某不愿意享受免申报、愿意交税除外。
如果他没有选择“享受免申报”，而选择了继续补缴这488元个人所得税，是无法申请退还这488元的。因为，这488元本来就是应该交的，只是国家给了特殊政策，可以免交。但是，他选择了放弃，交了税款。
不过，个税APP有一个操作，在汇算清缴申报期内（即6月30日前）可以更正申报。即进入“综合所得年度汇算”—“2021年”，选择“更正”，也许就可以退回补缴的税款。
你最好咨询12366纳税服务热线，因为这种情况毕竟是少数。
个人所得税怎么补交税额法律主观：个人所得税要补税可以按照下列步骤进行补缴：1、补交个人所得税需要提供基本资料。2、做好补交个人所得税的申报报表。3、将申报报表提交到税务局，由税务局出具通用缴款书。4、最后到银行去进行缴税，缴完税3-5天即可出具完税证明。
法律客观：员工取得的经济补偿一般是不需要缴纳个人所得税的，但当取得的经济补偿金额超过一定数额时要缴纳个人所得税。经济补偿金是用人单位解除劳动合同时，给予劳动者的经济补偿。经济补偿金是在劳动合同解除或终止后，用人单位依法一次性支付给劳动者的经济上的补助。我国法律一般称作“经济补偿”，法国《劳动法典》称为“辞退补偿金”，俄罗斯《劳动法典》则称为“解职金”。我国劳动法、1994年劳动部发布的《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》(以下简称《经济补偿办法》)等规定了用人单位在与劳动者解除劳动合同时，应该按照一定标准一次性支付一定金额的经济补偿金。根据国家税务总局相关文件规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，应当依法缴纳个人所得税。这些规定概括起来应当分别按以下三种情况处理：1、收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;2、超过3倍的部分计算征收个人所得税方法：扣除3倍后的一次性经济补偿收入÷个人在本企业的工作年限数=个人缴税月工资。再以个人缴税月工资为基数按照税法相关规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12计算。按照上述方法计算的个人所得税税款，由支付单位在支付时一次性代扣，并于次月7日内缴入国库。3、个人按国家和地方政府规定比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金、失业保险基金在计税时应予以扣除。
个人所得税怎么补缴？在申报退税时,显示补交税的话,点击上方的返回。
然后在收入里点击工资薪金。
进入后点击奖金计税方式选择。
之后,点击单独计税。
然后勾选自己的年终奖金，点击上方的确定。
最后即可显示退税金额，点击下一步申请退税即可。
如果提示补税的话，那么就要按照规定补税。
若然不按照规定补税，这是触犯法律的。
补缴个人所得税需要提供基本资料。
做好补缴个人所得税的申报报表。
居民个人取得的综合所得，按年度计算个人所得税；有扣缴义务人的，扣缴义务人应当按月或者按月预缴税款。
非居民个人与扣缴义务人取得的工资、劳务报酬、作者报酬、特许权使用费所得。
个人所得税可以在每年的3月1日到6月30日之间申请退上年度的税。
纳税人可以自主使用个人所得税软件在线进行数据填写以及提交相关的申报信息，系统将会为申请人计算税款，最后再提交申报申请并且等待有关部门的审核批复以及缴税退款即可。
此外，纳税人需要提供个人相关的缴税信息材料以及银行账户。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第一条 在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。
居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计不满一百八十三天的个人，为非居民个人。
非居民个人从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。