随着“金三”和大数据系统的不断壮大，使得税收违法行为无处遁形。自税务稽查开展以来，不少公司被税务局稽查，不但要交回抵扣的税款、受到漏缴税款0.5倍--5倍的罚款，还有每天万分之五的税收滞纳金!很多企业税报了，年报也交了，可还是面临稽查。下面由小编为大家讲一讲税务稽查的几个重点问题以及纳税人应对税务稽查需要做些什么吧。
税务稽查的几大重点问题
增值税零申报问题
零申报恐怕是一些投机企业常用的手段了。特别是一些不够负责任的代账公司可能是为了省事也常常会用0申报。可长期的零申报是有很大风险的，倘若零申报持续时间达到6个月，税务机关就会对企业展开分析调查，确认企业是否存在隐匿收入等问题。
税负率异常问题
各个行业的平均增值税、所得税税负水平在当地的税务系统中都是有所记录的，如果你在平均税负上下浮动不大的话可能不会引起什么注意，一旦超过20%太多，税务机关就会对其进行纳税评估来调查原因，不正常的税务异常一直以来都是税务稽查的重点，要引起注意哦。
进项发票对比问题
其实在“金三”系统上线之前，税务机关就相当重视增值税进项和销项的大规模审核了，主要审核对象是，发票内容的一致性和税率的准确性。这使很多想钻空子的商贸企业都焦头烂额了。
税收优惠企业认定问题
对于那些享受税收优惠政策的企业，一直都是税务机关专门清查的重点。毕竟可以得到实实在在的实惠，想钻空子的人自然就会很多。
农产品抵扣问题
免税的农产品一直都是虚开发票的主要源头之一，因为像农业合作社这类农业生产者可以享受自产自销的的农产品免税的政策，而这些免税的农产品给下游采购开具的销售发票是可以抵扣进项税的，这就使一些企业动了歪脑经，打起了虚开发票的主要。因此国家现在对虚开农产品发票的行为查的很严，一旦发现，必将严惩。
发票用量有出入问题
税务机关每个月都会对企业所使用的发票数量、种类、领用存情况以及购领发票数量和实际使用数量之间的出入进行严格审核。而发票的增量和增版都是十分困难的，一旦企业提出增量增版，税务机关一定会实地考察企业情况，现阶段税务机关正在大力严打虚开发票行为。
重点税源企业问题
重点税源企业也一直是税务机关关照的对象。怎么说也是纳税大户，这些企业一家的纳税额比很多中小企业加一起还多，如果这类企业出现了偷税漏税的问题，那税收损失该有多大呀，因此要做好随时迎来税务机关检查的准备。
纳税人注意事项
销项发票开出都必须在该公司的经营范围以内。
商业贸易中小企业进项发票的品名必须与销项发票的品名匹配起来，包括数目，单位，货运命名。
进项发票的取得必须是源于正规的供应商，供应商开具的发票内容必须在经营范围以内并且获得进项发票能与销项匹配起来。
对于以前早已认证的进项发票，如果不符合以上1.2.3点也将受到核实，一旦查出，会要求进项转出补交全部税收，违法的移交公安部门处理。
海外投资超过1万的额度必须过公账。
备齐购货合约、销货合约、送货单、入库单等买卖凭据。
税务稽查应对技巧税务稽查应对技巧如下：
接到自查通知后准备开始自查前，公司应该首先确立一个总体应对思路：是打算奋力反击还是束手就擒，是对着干还是顺着来?都不对，应该有个策略，不是简单的配合或不配合的问题。如何策略性的安排、组织本次税务自查，制定既符合自身利益又顺应时势的《税务自查应对方案》，至关重要。
企业出现一些所谓税务上的“违规”项目(即需要作出纳税调整)，其实是有其内在原因的，往往都是生产经营的需要，这些支出不论税务上能否扣除，企业都要这么做，不可避免的(如：陪客户旅游、送礼品给客户、过节员工福利待遇发放、招待费的超支等等这些)，不能因为要征税，他这个钱就不花了。
但是，若不从内部彻底对这些项目进行合理的税务规划和标准化建设，将可能会出现每年税务稽查的大网撒下去后，网网都有鱼。因此，治标又治本才是公司税务总体安排所必须要做的。
据我所知，大多数企业在应对自查的准备过程中，是本着提纲中有什么就查什么，无可厚非，但是应该注意到税务局下达的提纲中，有很多不准确或者说不清晰的描述，这就给企业自查带来了很大的麻烦，如何对提纲进行理解非常重要。
因为判断某个项目或事项是否征税，不能仅凭它叫什么名字就确定征或不征(如：对车辆补贴的征税依据、对取得假票的补税依据、员工薪酬体系中的某些涉税事项等等)，这其中的原因很复杂，因此不能简单的就确定为是征税项目。
一个税务政策的出台是有其多方面的考虑，这其中就要从立法、执法和司法三个角度来考虑，还要从其政策性、程序性和管理性三个方面来判断。因此，人云亦云是不可取的，在准确的理解税法得基础上，灵活运用才是根本。
公司遇到税务稽查，应对的方法都有哪些？最近这段时间，不少公司都收到了税局的“问候”，那么当公司遇到税务稽查，我们的应对方法都有哪些呢? 税务稽查范围不仅仅是税务方面，还会有越来越多“非税”方面的，对公司经营业务进行全面的监控。再加上现在银行参与进来后，公司所有资金的走向也是完全透明化，在此背景下，某个企业的涉税风险一旦发生就将可能引发整个行业涉税风险的普遍爆发。 税务稽查工作是税收征管体系的最后一道屏障，配合税务机关做好税务稽查工作是纳税人应尽的责任。
因此，当公司遇到税务稽查，各位老板应积极配合应对税务稽查，具体的应对方法如下: 1. 如果公司遇到的是被协查，那么一般是上游发票发票出了问题，比如购买的发票。这个别慌，一般不会涉及刑事问题，无非是补税多少的问题，当然了，金额特别大除外。 这个时候，我们就该迅速将非正常来源的发票移出，调整账务，在账务调整好之后，一定要和税局人员坦白来源，争取达到如下几个目的:争取避免被追究刑事责任;减少对正常生产经营的不良影响;避免其他不必要的经济损失。 2. 如果公司遇到的是被稽查，那么在正常情况下，税局是肯定掌握了你们公司有偷税漏税或者虚开发票等事情的证据，这个时候，该交代的及时交代，不该交代的也及时交代，争取达到如下目的:尽量争取减少涉案税款;尽量争取减少涉案罚款;尽量争取减少涉案滞纳金等等。