认证抵扣后的进项发票，发票联随业务入账做为原始凭证，抵扣联需单独装订成册，形成正式的会计档案（凭证附册），按会计档案保管备查。
根据《增值税专用发票使用规定》第四条规定：
专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。发票联，作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联，作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；记账联，作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
这个规定明确指出，抵扣联需做为留存备查的凭证。
对于抵扣联怎样留存保管，国税总局没有相关条文规定，但各地有具体的管理办法，例如上海市就出台专门的《关于增值税专用发票抵扣联的管理办法》，对抵扣联具体装订和保管做出明细规定，条文如下：三、增值税一般纳税人应按照税务机关的要求将《抵扣联》装订成册。每100份装订成一册。当期未满100份的以实际取得的份数装订成册，并加封面每册必须按封面要求填写。 四、增值税一般纳税人向税务机关填报增值税纳税申报表时，同时上报增值税专用发票抵扣联汇总申报表，并在纳税申报表备注栏注明当期进项税额增值税专用发票抵扣联多少册、多少份。