法律分析：增值税专用发票的认证方式有三种：网上平台勾选认证，通过自助办税终端扫描认证，税务大厅窗口人工认证。
其中网上平台勾选认证流程较为复杂，有以下几个步骤：1、登录：纳税人使用可以连接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台。
确认完善信息，设定平台密码。
确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题。
勾选并保存。
通过“发票勾选”或“批量勾选”模块，根据需要选择发票进行勾选操作，并保存。
手工数据确认。
纳税人需要在每个税款所属当期对已勾选保存未确认的数据进行确认操作，且每期可以进行多次勾选、多次确认。
数据汇集和抵扣统计。
纳税人可以实时通过抵扣统计模块查询当期已认证的所有发票数据，作为当期进行申报抵扣的依据。
法律依据：《增值税专用发票使用规定》 第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。
增值税发票怎么认证增值税发票认证如下：1、远程认证。
远程认证是由纳税人自行扫描、识别专用发票抵扣联票面信息，在此过程中将会有电子数据的生成，通过网络传输至税务机关，经过税务机关对其解密以及认证，并将认证结果信息返回给纳税人的认证方式；2、上门认证。
上门认证是指纳税人需要提供增值税专用发票抵扣联等资料，要求纳税人到税务机关的申报征收窗口或者自助办税机进行认证的方式；3、勾选认证。
勾选认证是指符合条件的纳税人通过特定的网址，对升级版增值税开票系统开具给自己的增值税发票信息进行查询，然后通过勾选和确认的形式完成发票认证。
增值税的特征为：1、以增值额为课税对象。
从征税对象看，无论各国的法定增值额有多大差别，增值税都是以增值额而不是以销售全额为课税对象；2、 实行普遍征税。
无论是从横向看还是从纵向看，都有着广阔的税基。
从生产经营的横向关系看，无论工业、商业或者劳务服务活动，只要有增值收入就要纳税；从生产经营的纵向关系看，每一货物无论经过多少生产经营环节，都要按各道环节上发生的增值额逐次征税；3、实行多环节征税。
从纳税环节看，增值税实行多环节征税，即在生产、批发、零售、劳务提供和进口等各个经营环节分别课税，而不是只在某一环节征税。
综上所述，增值税是一种流转税，增值税销项税额与进项税额的差额就是应纳增值税额。
增值税是价外税，在会计核算中，销项税额与进项税额与成本费用无关，提取销项税和进项税额抵扣都在“应交税费—应交增值税”科目核算，与财务费用无关，也不反映到利润表。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
纳税人兼营不同税率的应当缴纳消费税的消费品（以下简称应税消费品），应当分别核算不同税率应税消费品的销售额、销售数量；未分别核算销售额、销售数量，或者将不同税率的应税消费品组成成套消费品销售的，从高适用税率。
增值税专用发票认证流程是怎样的?对于企业来说，其在经营期间经常会取得各类票据和凭证。而对于一般纳税人企业取得的增值税专用发票来说，其通常需要在完成增值税专用发票认证后，才能够进行抵扣。那么，增值税专用发票认证流程是怎样的？接下来，本文来带您对此进行具体了解！
一般来说，有关于增值税专用发票认证流程，其根据认证方式选择的不同而不同。具体可分为以下几种情形：
网上平台勾选认证
操作流程为：
（1）登录。企业纳税人需使用可以连接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台。
（2）确认完善信息，设定平台密码。确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题。
（3）勾选并保存。通过“发票勾选”或“批量勾选”模块，根据需要选择发票进行勾选操作，并保存。
（4）手工数据确认。企业纳税人需要在每个税款所属当期对已勾选保存未确认的数据进行确认操作，且每期可以进行多次勾选、多次确认。
（5）数据汇集和抵扣统计。企业纳税人可以实时通过抵扣统计模块查询当期已认证的所有发票数据，作为当期进行申报抵扣的依据。
自助办税终端扫描认证
该种认证方法是直接把需要认证的增值税专用发票拿到税务局的机子去进行认证，输入纳税人代码、纳税人密码来进行，认证完之后打印认证结果清单。
税务大厅窗口人工认证
即由税务机关办事人员帮助企业办理增值税专用发票认证，需企业纳税人携带所需认证发票及相关材料到所属税务机关办理。流程相对比较简单。
以上是对“增值税专用发票认证流程是怎样的”这一问题的具体介绍。对于对增值税专用发票认证流程不太了解的企业来说，如对此存有疑问，便有必要对文中介绍的方法和步骤进行详细把握，从而以确保增值税专用发票认证相关操作有序进行！