企业申报网上申报的流程是明确的，首先需要进行网上注册并登录，然后填写相关资料并上传相关证件。
接下来，按照申报的项目要求填写相关的信息，比如企业的基本情况、财务报表等，然后进行材料的上传、校验和提交。
在申报提交之后，需要等待相关部门的审核，如果需要补充或修改相关资料，需要按照要求进行及时补充或修改。
最后，如果审核通过了，企业就可以获得相关的批文或资质认定，如果审核不通过，需要及时整改和重新进行申报。
综上所述，企业申报网上申报的流程是比较复杂和繁琐的，需要企业按照要求认真填写相关资料，并进行审核和补充。