可以使用金税三期个人所得税扣缴系统分部门申报功能的方式实现。
金税三期个人所得税扣缴系统功能菜单下出现“多企业模式”功能后，选择“多企业模式”，点击“添加”按钮。
未办理“三证合一”的单位填写税务登记证号；已办理“三证合一”的单位，填写社会信用代码。点击“保存”按钮。
在主管税务机关进行备案后，出现提示信息“本企业已进行分部门申报功能备案，……”字样，填写部门编号（设置后不得修改）和部门名称，然后点击“保存”按钮，至出现提示信息“保存成功”。
分部门申报设置成功后，多企业管理列表增加“部门”和“分部门申报”竖列项。