企业重组业务—企业合并的办理流程（事先备案类）
依据：
《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》、《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）、《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2010年第4号）。
企业申请时限：
企业一般应在重组业务完成年度内提出企业所得税适用特殊性税务处理备案申请，截止日期为次年3月底。吸收合并为合并后拟存续企业、新设合并为合并前资产较大的企业，作为重组主导方提出备案申请。若重组主导方在外省(市)，非主导方在本市，且主导方所属主管税务机关不提供给该省(市)外企业特殊性税务处理备案结果通知书的，可由本市企业自行向主管税务机关申请备案。
重组主导方收到主管税务机关发送的《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理预备案通知书》后，通知被合并企业办理税务、工商注销登记。重组主导方在被合并企业办理完税务、工商注销登记后三十个工作日内再向其主管税务机关报送被合并企业注销登记情况相关资料。
企业提交的材料：
（一）申请备案时报送的资料：
当事方企业合并的总体情况说明，情况说明中应包括企业合并的商业目的（商业目的按国家税务总局公告2010年第4号第十八条规定的条款逐项说明）;
《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案申请表》；
《企业合并业务申请企业所得税特殊性税务处理资产和负债计税基础明细表》；
企业合并当事方签订的合并协议或决议原件和复印件；
企业合并各方当事人的股权关系说明。若属于同一控制下且不需要支付对价的企业合并，还需提供在企业合并前，参与合并各方受最终控制方的控制在十二个月以上的股权登记机关的证明材料;
被合并企业的净资产以及各单项资产和负债账面价值等相关报表原件和复印件；
证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括合并前企业各股东取得股权支付比例情况、以及重组日起连续十二个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；
被合并企业重组日前一个年度盖有原税务机关受理章的企业所得税年度纳税申报表（A类）主表、附表复印件及其对重组日资产和负债计税基础的相关情况说明，或具有资质的中介机构出具的被合并企业资产和负债计税基础的审计报告；
若需要政府部门批准合并的，提供企业合并的政府部门批准文件原件和复印件；
若被合并企业合并前有尚未税前弥补亏损额的，则需提供亏损发生年度及已弥补亏损年度的企业所得税年度纳税申报表（A类）主表和亏损明细表原件和复印件及相关说明；
若被合并企业有国家税务总局公告2010年第4号第二十八条规定的尚未享受期满的税收优惠政策，则需提供税务机关已给予的有关减免税批准或备案结果文书原件和复印件；
税务机关要求提供的其他材料。
（二）被合并企业税务、工商注销后报送的资料：
被合并企业税务注销证明原件和复印件；
被合并企业工商注销证明原件和复印件；
工商部门核准相关被合并企业股东股权变更证明材料（同一控制下且不需要支付对价的企业合并除外）。
备注：重组主导方在申请备案时除将上述资料报送其主管税务机关外，同时还需将其中的“当事方企业合并的总体情况说明、《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案申请表》、《企业合并业务申请企业所得税特殊性税务处理资产和负债计税基础明细表》、被合并企业重组日前一个年度盖有原税务机关受理章的企业所得税年度纳税申报表（A类）主表和附表复印件及其计税基础相关说明（或具有资质的中介机构出具的被合并企业资产和负债计税基础的审计报告）”报送被合并企业主管税务机关。
权限：
当事各方均在本市（含当事各方不属同一个主管税务机关征管）的，分局审核；当事各方属于跨省(市)主管税务机关征管的，市局审核。
期限：
分局三十个工作日（因情况复杂需要核实，在规定期限内不能做出决定的，经分局分管局长批准，可以延长三十个工作日）；
市局六十个工作日（其中分局从受理之日起在三十个工作日内报市局）。
流程：
受理窗口——税务所——职能科（处）室——分局局长室
受理窗口——税务所——职能科（处）室——分局局长室——市局
分局工作要求：
审理企业报送资料是否齐全，核查企业提交的相关原件和复印件资料，并在复印件上加盖“复印件与原件一致”印章，同时将原件归还企业；
审核企业重组业务是否符合企业所得税特殊性税务处理的条件；
就合并业务涉税事项与被合并企业主管税务机关进行联系沟通；
应由市局备案的，以发文形式向市局提出备案申请；
自作出决定或收到市局通知文件十个工作日内向企业发送《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理预备案通知书》或《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案结果通知书》和《告知书》（仅指不予备案的）；自收到企业报送的被合并企业税务、工商注销相关资料后十个工作日内向企业发送《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案结果通知书》和《告知书》;
属分局审核的，在向企业发送《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案结果通知书》后的十五个工作日内，将分局受理备案的企业合并所得税特殊性税务处理的相关资料以及备案结果通知书复印件一并报送市局。
备注：被合并企业主管税务机关在收到企业合并业务企业所得税特殊性处理相关申请资料后十五个工作日内以《企业合并业务税务联系单》形式将情况反馈给重组主导方所属主管税务机关。在收到重组主导方税务机关抄送的《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理预备案通知书》及受理被合关企业注销税务登记申请后七个工作日内，办理税务注销登记。在办理完被合并企业注销税务登记后的十个工作日内以《企业合并业务注销税务登记情况反馈单》形式将已办理注销税务登记情况反馈给主导方企业主管税务机关。
回复方式：
《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理预备案通知书》（发送给重组主导方同时，抄送给被合并企业及其主管税务机关）；《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理备案结果通知书》和《告知书》（发送给合并企业同时, 抄送给被合并企业及其主管税务机关、被合并企业股东及其主管税务机关）。
日前，国家税务总局下发了《关于纳税人资产重组有关增值税政策问题的批复》（国税函[2009]585号），对企业资产重组业务的增值税处理作了进一步明确。联系之前公布的《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号），对于企业的重组业务，应如何计算缴纳增值税呢？
按照税法规定，企业重组是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
企业法律形式改变的增值税处理
企业法律形式改变是指企业注册名称、住所以及企业组织形式等的简单改变。具体而言，对于企业注册名称、住所的改变，企业应当变更税务登记；涉及改变税务登记机关的，企业应向原税务登记机关申报办理注销税务登记，并自注销税务登记之日起30日内向迁达地税务机关申报办理税务登记。由于经营存续，企业原本的增值税纳税事项由变更后的企业承继。
如果企业的组织形式发生改变，比如由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外，企业需要依法进行注销和清算。根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）规定，一般纳税人注销，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。同时，按照公司法的规定，企业清算时要进行财产的清理、债务的清偿和剩余财产的分配等，因此，企业的存货、固定资产等在出售、抵债或分配给投资者时应依法计算缴纳增值税。
债务重组的增值税处理
债务重组是指在债务人发生财务困难的情况下，债权人按照其与债务人达成的书面协议或者法院裁定书，就其债务人的债务作出让步的事项，包括以非货币资产清偿债务、债转股、以低于债务计税基础的现金清偿债务和修改其他债务条件等方式。其中，涉及增值税处理的是以非货币资产清偿债务。根据《增值税暂行条例实施细则》的规定，销售货物是指有偿转让货物的所有权，所称有偿，是指从购买方取得货币、货物或者其他经济利益（如债务的减少）。因此，债务人需要就以非货币资产清偿债务的行为计算缴纳增值税、营业税等税款。
股权收购的增值税处理
股权收购是指一家企业（收购企业）购买另一家企业（被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。其中非股权支付是指以本企业的有价证券、存货、固定资产、其他资产以及承担债务等作为支付的形式。非股权支付相当于收购企业先向被收购企业转让非货币性资产，再用转让取得的经济利益购买被收购企业的股权。因此，股权收购中如果收购企业的非股权支付涉及存货和固定资产等内容，收购企业应依法计算缴纳增值税。
【例】泰达公司地处江苏，为增值税一般纳税人。2009年10月，该公司与宏成公司签订股权收购协议，泰达公司以本企业10%的股权（公允价值600万元）和一套设备（2008年购进并投入使用，账面价值300万元，公允价值400万元），收购宏成公司持有的瑞丰公司60%的股权（计税基础200万元，公允价值1000万元）。根据《财政部、国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税[2008]170号）和《国家税务总局关于增值税简易征收政策有关管理问题的通知》（国税函[2009]90号）的规定，泰达公司应缴纳增值税400÷（1+4%）×4%÷2=7.69（万元）。
资产收购的增值税处理
资产收购是指一家企业（受让企业）购买另一家企业（转让企业）实质经营性资产的交易。同理，受让企业非股权支付涉及的增值税处理和股权收购业务相同，此处不再赘述。但不同之处在于，由于资产收购中转让企业转让了收购资产并取得了经济利益，如果转让资产涉及存货和固定资产等内容，需要依法计算缴纳增值税。
【例】松林公司2009年11月与辉腾公司签订资产收购协议，松林公司收购辉腾公司一项专利技术（账面价值1500万元，公允价值2000万元）和一套生产线（2009年1月购进并投入使用，账面价值3300万元，公允价值4000万元）。松林公司的收购对价包括银行存款4000万元和一批存货（账面价值1500万元，公允价值2000万元），两公司均为增值税一般纳税人。则松林公司需要缴纳增值税2000×17%=340（万元）；按照财税[2008]170号文件规定，辉腾公司应缴纳增值税4000×17%=680（万元）。
合并的增值税处理
按照财税[2009]59号文件的规定，合并是指一家或多家企业（被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。和前面提到的资产收购和股权收购类似，企业合并同样会涉及非股权支付中涉及存货和固定资产的增值税处理问题，这里不再重复。需要说明的是，由于企业合并是包括资产、负债、人员等在内的企业产权的转移，根据《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》（国税函[2002]420号）的规定，被合并方存货、固定资产等的转移不属于增值税的征收范围，不征收增值税。此外，如果被合并企业在合并前有未抵扣的进项税，可以继续在合并企业抵扣。
分立的增值税处理
分立是指一家企业（被分立企业）将部分或全部资产分离转让给现存或新设的企业（分立企业），被分立企业股东换取分立企业的股权或非股权支付，实现企业的依法分立。通常可以将企业分立分为存续分立和解散分立。所谓存续分立，是指一家企业将部分资产依法分出，成立两个或两个以上企业的行为。在存续分立方式下，原企业继续存在。所谓解散分立，是指一家企业将其全部资产分离并转让给两个或两个以上企业，同时原企业依法解散，其债权、债务由分立企业分别承担。和企业合并类似，在企业分立过程中，同样会涉及非股权支付的增值税处理问题。
【例】通达公司由佳乐公司和亿科公司共同投资成立，分别占80%和20%的股份。为满足经营需要，通达公司剥离部分净资产（账面价值300万元，公允价值400万元）给凯乐公司（增值税小规模纳税人）。凯乐公司确认佳乐公司和亿科公司的投资额分别为240万元和60万元，同时分别向佳乐公司支付一批本公司生产的服装（账面价值50万元，公允价值80万元），向亿科公司支付一辆本公司的小汽车（账面价值26万元，公允价值20万元）。按照财税[2009]9号文件和国税函[2009]90号文件的规定，凯乐公司需要就非股权支付的服装计算销项税80÷（1+3%）×3%=2.33（万元）；需要就非股权支付的小汽车计算销项税20÷（1+3%）×2%=0.39（万元）。
需要说明的是，企业分立是资产、负债、劳动力、技术等要素的同时转移，区别于一般的资产转让，按照国税函[2002]420号文件的规定不需要缴纳增值税。而国税函[2009]585号文件所说的企业在资产重组过程中将所属资产、负债及相关权利和义务转让给控股公司，但保留上市公司资格的行为，严格来说并不属于国税函[2002]420号文件中的转让企业产权的行为，因此需要就资产转移行为征收增值税，可以说两个文件规定的精神实质是一致的。
企业合并特殊性税务处理条件法律分析：企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定： (一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
(二)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
(四)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》第六条 凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。
主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。
税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。
税务登记的内容包括：纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。
企业合并要办理变更登记税务登记吗?应该要办理，因为主体发生了变化，有可能经营范围也发生了变化。