三证合一网上申请流程：
填写《三证合一登记(备案)申请书》，申请书上一般只需要填写三证合一相关内容，其他的地方空着即可;
如果是是委托他人代办，还需要填写《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》以及指定代表或委托代理人的身份证件复印件，经办人需要带着身份证原件;
公司全体股东签字的公司章程，如果没有标准的公司章程可以在工商局官网里面下载，按照公司的实际情况填写;
提供公司的股东的主体资格证明或者自然人身份证件复印件。如果股东是为企业的，那么需要提供该企业的营业执照副本复印件。股东为其他类型法人需要提交对应的登记证书;
最后一步就是到工商局柜台申请办理，申请三证合一因为是老证换新证只需要到工商局办理就行了，质检与税务窗口就可以免去了一般是不用去的。