依据《财政部?国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）、《财政部?国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号）、《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号）、《国家税务总局关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2015年第48号）等规定适用企业所得税合并的特殊性税务处理。
企业重组同时符合下列条件的使用特殊性税务处理规定：具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例；3、企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质经营活动；重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定的比例；企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定；被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继；可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截止合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
依据《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）、《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号）等规定不征收增值税。
根据《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）规定，增值税一般纳税人（以下称“原纳税人”）在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称“新纳税人”），并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。原纳税人主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》。《转移单》一式三份，原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主管税务机关一份。新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。
依据《财政部国家税务总局关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税【2015】5号）规定暂不征收土地增值税。
按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将国有土地、房屋权属转移、变更到合并后的企业，暂不征土地增值税。土地增值税
依据《财政部?国家税务总局关于进一步支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税〔2015〕37号）规定免征契税。
两个或两个以上的公司，依照法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对合并后公司承受原合并各方土地、房屋权属，免征契税。
分公司怎么跟总公司合并纳税分公司合并纳税申请流程是先携带相关申请资料到税务机关办理，然后就是等待税务机关的审核，最后就是到受理处领取审批结果。分公司不具有合法效力的法人，所以分公司不能单独进行纳税，只能与总公司合并缴纳。
分公司合并纳税申请流程是怎样的 (一)申请 纳税人携带资料向主管税务机关办税服务大厅提出申请。申请资料如下: 1、分支机构税务登记证复印件; 2、总机构税务登记复印件; 3、《非独立核算分支机构合并申报认定表》。 (二)审核 税务机关审核提出合并申报申请的企业是否为非独立核算分支机构，审核被合并申报企业是否存在于进行合并申报企业的分支机构名单中，检查其分支机构与总机构的核算方式，账务往来，账簿设立情况是否符合查账征收合并申报的要求。符合条件的予以办理。 (三)生效取件 纳税人在税务机关承诺的期限后，到受理窗口领取审批结果。二、分公司可以合并纳税吗 新的所得税法是按法人交纳所得税的，分公司不是法人，不能独立纳税。合并纳税实际上是一种税务优惠。对外国公司、企业在中国境内设有两个及两个以上营业机构的，可以合并申报纳税。但选定的负责合并申报的机构必须具备两个条件:对其他各营业机构负有监督管理责任，设有完整的账册、凭证，能够正确反映各营业机构的收人、成本、费用和盈亏情况;三、分公司和子公司的区别在哪里 1.设立方式不同 子公司一般是由包括公司在内的两个以上股东按照《公司法》的规定设立，注册应当符合《公司法》对设立条件及投资方式的规定，并到工商部门领取《企业法人营业执照》，子公司的名称最后一般是某某有限责任公司或某某股份有限公司。 公司设立分支机构，一般是由总公司在其住所地之外向当地工商机关提出设立申请，领取《营业执照》，分公司的名称最后都是某某分公司。 2.法律地位不同 子公司具有法人资格，拥有独立的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动，并可以在其自身经营范围内独立开展各种业务活动、从事各类民事活动，独立承担公司行为所带来的一切后果和责任。但涉及公司利益的重大决策或重大人事安排，仍须由母公司决定。 分公司是由总公司在其住所地之外向当地工商部门提请设立的，其属于总公司的分支机构，不具有法人资格，无独立的名称、公司章程和组织机构，虽可以独立开展业务活动，但必须以总公司分支机构的名义从事经营活动，且只能在公司授权范围内进行。 3.受控制方式不同 母公司对子公司一般不直接控制，多采用间接控制方式，即通过做出投资决策以及任免子公司董事会成员来影响子公司的生产经营活动。 分公司则不然，其财产、业务、人事受总公司直接控制，并只能在总公司的经营范围内从事经营活动。 4.承担债务责任方式不同 子公司具有法人资格，其以自身全部财产为其经营活动中产生的债务承担责任。 分公司不仅无独立财产，且在财务上须与总公司统一核算，分公司在经营活动中产生的债务，总公司必须以其全部财产为限承担清偿责任。 5.诉讼中的法律效果不同 我国法人制度的基本精神是法人仅以其自身财产承担民事责任，因子公司是独立法人，故子公司只须以其自身资产为限承担民事责任，除出资人(即子公司的各股东)出资不实或出资后抽逃资金外，无法清偿的部分出资人无须另行承担。 分公司不是独立法人，业务开展过程中出现不能履行债务的情形时，债权人可以要求总公司承担清偿义务，在诉讼中可直接以总公司为被告要求其承担责任。 综上所述，根据最新法律规定，分公司没有法人代表，不能进行税费的缴纳，所以只能进行合并缴税。应当注意的是分公司与子公司不是同一概念，分公司与子公司在设立方式、法律地位、受控制方式、承担债务责任方式、法律效果这五个方面不
企业合并特殊性税务处理条件法律分析：企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定： (一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
(二)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
(四)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》第六条 凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。
主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。
税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。
税务登记的内容包括：纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。