农业合作组织应该在取得营业执照30日内到税务机关办理税务登记。办理税务登记证时需要到辖区内主管税务机关办税服务厅领取并填写《税务登记表》并携带以下资料：
工商营业执照或其他核准执业证件原件及复印件；
注册地址及生产、经营地址证明（产权证、租赁协议）原件及其复印件；如为自有房产，请提供产权证或买卖契约等合法的产权证明原件及其复印件；如为租赁的场所，请提供租赁协议原件及其复印件，出租人为自然人的还须提供产权证明的复印件；如生产、经营地址与注册地址不一致，分别提供相应证明；
评估报告原件及其复印件；
组织机构统一代码证书副本原件及复印件；
有关合同、章程、协议书复印件；
法定代表人（负责人）居民身份证、护照或其他证明身份的合法证件原件及其复印件；
纳税人跨县（市）设立的分支机构办理税务登记时，还须提供总机构的税务登记证（国、地税）副本复印件。
对于符合税收法律、法规规定以及国家有关税收规定条件的减免税项目，纳税人应当如实向税务机关报送下列资料：
企业的减免税资格申请（正式文件）；
企业的营业执照及税务登记证的复印件；
企业的年度财务报表（新办企业可不提供）；
相关减免税项目的各种证明（鉴定）材料；
税务机关要求的其它相关资料。
农业公司如何缴税农业公司缴税流程如下：1、登记纳税人：农业公司应当在工商行政管理部门进行登记，并向当地税务部门申请纳税人登记。
了解税种：农业公司需要了解自己应当缴纳的税种，如增值税、企业所得税、个人所得税等，以及税率和缴税周期等相关信息。
缴纳税款：根据当地税务部门要求，农业公司需按照规定时间和方式缴纳税款，可以通过线上或线下方式缴纳税款。
报税申报：农业公司应当按照规定时间向当地税务部门进行报税申报，报税申报内容包括纳税人的纳税情况、税种、税率、缴纳金额等相关信息。
税务审计：当地税务部门有权对纳税人进行税务审计，如发现农业公司存在未缴税款等问题，将会接受相应的税务处罚。
公司缴税需要的资料如下：1、公司登记证明：包括工商营业执照、税务登记证等证件。
财务会计资料：包括会计账册、财务报表等。
员工信息：包括员工的社会保险、个人所得税等纳税信息。
合同协议：包括公司与客户、供应商等签订的合同、协议等。
购销票据：包括增值税发票、收据等票据。
税控设备：企业需要购买税控设备，包括税控盘、税控发票印章等。
纳税申报表：企业需要按照规定填写纳税申报表，包括增值税纳税申报表、企业所得税纳税申报表等。
综上所述，农业公司的税务管理需要严格按照国家税收法规和当地税务部门的要求进行，避免出现纳税不足或逃税等问题，以免受到税务部门的处罚。
【法律依据】：《中华人民共和国企业所得税税前扣除办法》 第九条 纳税人必须将经营活动中发生的成本合理划分为直接成本和间接成本。
直接成本是可直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中的直接材料、直接人工等。
间接成本是指多个部门为同一成本对象提供服务的共同成本，或者同一种投入可以制造、提供两种或两种以上的产品或劳务的联合成本。
直接成本可根据有关会计凭证、记录直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中。
间接成本必须根据与成本计算对象之间的因果关系、成本计算对象的产量等，以合理的方法分配计入有关成本计算对象中。
怎样做税务登记?（具体流程）纳税人应当自领取《营业执照》之日起30日内，向税务机关申报办理税务登记。办理税务登记时，应当提供以下证件：营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证、银行开户许可证(基本户)、房屋产权证明或房屋租赁合同、以上须提供原件及复印件;公司章程复印件。 2、纳税人应到征收分局(报税大厅)“税务登记”窗口，领取《税务登记表》、《纳税户数据采集表》。持填写完毕的《纳税户数据采集表》和相关资料原件、复印件，到所属税务分局进行税收管理员分配，由税收管理员进行实地核查，为纳税户办理资料填写的核查、审核、涉税鉴定等事宜。 3、税务分局对《纳税户数据采集表》经过审查，内容填写齐全，信息准确的，并且分局局长及税收管理员签字盖章齐全的，征收分局工作人员受理并打印税务登记证，并完成《纳税户数据采集表》的录入，纳税户在此过程中完成税收申报及缴纳。