法律主观：1、 增值税 一般纳税人当期应交增值税应该是销项税额扣减进项税额的差额。 2、如果销售货物发生的运费并取得增值税专用发票，按照11%的税率计算抵扣进项税额。 《营业税改征增值税试点实施办法》 第十二条， 增值税税率 ： （一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。 （二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%。 （三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
运输公司进项怎么抵扣购进的有关增值税业务的材料，商品等取得的专用发票，运费发票，可以抵扣进项税。一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。
运输发票税额:对增值税一般纳税人外购货物或销售货物(固定资产除外)所支付的运输费用(代垫运费除外)，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额，依10%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
运费可以抵扣进项税吗运费可以抵扣进项税。
增值税一般纳税人购买货物和销售产品产生的运输费用，可以根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额按7%的扣除率计算进项税额，记入增值税，进项税科目，可以抵扣销项税，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算进项税额。
可以抵扣进项税的情形具体如下：1、从销售方取得的增值税用发票上注明的增值税额；2、从海关取得的属海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；3、购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
综上所述，运费可以抵扣进项税，但是需要注明身份。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额=买价*扣除率（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额=运输费用金额*扣除率准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。