这个有点麻烦，假如对方公司已经拿去认证，并且抵扣了税款，那么需要做以下操作：
对方公司需要在开票机上打印一张红字发票申请单，发票联和抵扣联各复印一份，拿去他们当地税务局申请一下，只要没问题，税务局可以出具一份开具红字发票通知单（有些地区开票系统直接连接了税务服务器，可以直接由用户在自己的开票机上申请红字发票申请单了）
然后对方公司要把这份开具红字发票通知单寄给你们公司。
你们公司收到开具红字发票通知单后，在你们的开票机上开出红字发票（金额和税款为负数），然后记账联自己留着做账，发票联和抵扣联交给对方公司财务，对方公司财务就可以做进项税转出了。