通用机打发票是由小规模纳税人开具的，不能抵扣进项税额。增值税正式发票是由一般纳税人开具的，分为专用和普通发票两种，专用增值税发票可以抵扣扣进项税额。通用机打发票（国税）和增值税正式发票的区别主要有两点：
版面不同增值税普通发票与增值税专用发票是一样的版面，发票上需要写清价款、税额、价税合计；国税通用机打发票版面不同，只需要一个票面金额 （价税合计），不需要列示清价款和税额。
适用范围不同增值税普通发票，与增值税专用发票共一个税控系统，常用于一般纳税人。国税通用机打发票使用的是开票软件，严格来讲不属于税控系统，常用于小规模纳税人经营改增后，新增加的货物运输增值税专用发票，其没有对应的货物运输增值税普通发票，虽然也是一般纳税人，其开具普通发票时使用的是国税通用机打发票。