税收政策不稳定导致的风险
我国税收政策经常有新的补充和调整，这一方面为企业税收筹划提供了空间，另一方面又给企业带来风险。在筹划期间如税收政策发生变化，就有可能使得依据原有税收政策设计的筹划方案，由合法变成不合法，由合理变成不合理，从而产生筹划风险。
法律层次低导致的风险
税收筹划的过程就是寻找那些影响企业应纳税额因素并利用这些因素对税收进行有效控制的过程。从目前来看，我国现有的税收法律、法规涉及的税收可控制因素有限，大量的筹划依据(税收优惠政策、财务与税收核算差异等)以暂行条例、部门规章、红头文件等形式出现，缺乏统一性和严肃性。这些行政规章、文件往往不够明晰，企业依据这些行政规章、规范性文件等开展税收筹划，有可能因为对税法精神理解错误而导致税收筹划失败。
对税收政策不了解导致的风险
由于我国的税收优惠政策具有很强的时效性，而且每一项优惠政策一般都有明确的条件上、地域上的限定。正是这些特点使得不少纳税人，因为能全面了解税收优惠政策，或者了解不及时、理解不透彻，或者税收筹划操作程序上的失误，丧失了享受税收优惠的机会，从而损失了本可以得到的税收利益。
项目选择不当导致的风险
税收筹划涉及企业筹资、投资、生产、经营、分配等各个领域，涉及增值税、所得税、营业税等几乎所有的税种。但由于每个企业的具体情况千差万别，有的税收筹划可能涉及一个项目、一个税种，有的可能涉及多个项目、多个税种，有的是单一性的，有的是综合性的。如果企业未加合理选择开展筹划，操作程序不规范，其筹划成功的概率必然较低。
企业税收筹划面临哪些主要风险及如何防范不依法纳税的风险，即企业日常的纳税核算从表面或局部看是按规定操作了，但是由于对有关税收政策把握不到位，实质上形成偷税，从而遭受税务处罚；
决策者存在认识误区，片面认为纳税筹划是财务人员的事情，与其他部门无关或认为只要与税务局的关系好，有事可以通过疏通摆平等，盲目操作，很容易形成纳税风险。
在系统性纳税筹划过程中对税收政策的整体性把握不够，形成纳税筹划风险。如在企业改制、兼并、分设过程中的纳税筹划涉及多种税收优惠，如果不能系统理解，就很容易出现筹划失败的风险
中小企业税收筹划存在的问题有哪些？概念模糊不清，忽略了其重要性。一般来说企业在开展税收筹划的时候，需要拥有良好的筹划概念认知，这样可以更好的进行筹划工作。需要明白的是：税收筹划不同于偷税、漏税，并且正确的税收筹划不仅可以减轻企业税负压力，同时也能提高企业的实际经济效益。除此之外合理的税收筹划对于提高企业的经营管理水平以及竞争力提高都会有所帮助。
成本较高，中小企业无力承担。众所周知中小型企业的底子相对较薄，难以推进税收筹划工作的进展。另外税收筹划操作的专业性要求极高，需要有专业的团队或者自身税务师来实施，这样可以有效地降低风险，对于中小型企业来说，如果花费资金组建财税团队，这可能有点因小失大。
方案制定缺乏专业性。企业在开展税收筹划的时候，需要制定专业的税收筹划方案，毕竟这样可以确保筹划的可行性，而中小型企业的财务人员专业素质不是很高，同时自身知识水平和经验也有限，所以在制定方案时，难以保证方案的专业和可行性。需要注意的是：税收筹划方案的可行性和专业性得不到保证，那么不仅发挥不出筹划应有的价值之外，还会给企业带来不必要的经济损失，甚至可能回收税务部门的行政处罚。