企业税务风险主要包括两方面:一方面是企业的纳税行为不符合税收法律法规的规定,应纳税而未纳税、少纳税,从而面临补税、罚款、加收滞纳金、刑罚处罚以及声誉损害等风险。
另一方面是企业经营行为适用税法不准确,没有用足有关优惠政策,多缴纳了税款,承担了不必要税收负担。
企业不缴纳税收的风险、企业不按时缴纳足额税款的风险、以及税务发票风险；企业应当按照《税收征收管理法》、《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定定期足额缴纳应缴税款法律依据:《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》第六条凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机.关申报办理税务登记。
其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
第八条纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。
主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。
税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。
税务登记的内容包括:纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。
第二十六条 纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。
老板必须知道的企业15大税务风险老板必须知道的企业十五大税务风险
内部借款
内部借款是指股东向公司借钱，股东向公司借款有可能涉嫌抽逃注册资本也可能涉嫌“视同分红”（股东借款超过一个纳税年度未归）从而导致需要缴纳个人所得税，这个对企业来说是不小的风险。
账外资金回流
把钱借给企业会被怀疑账外资金回流，比如一个做服装生意的老板卖了1000万元的脱衣服，客户都不需要发票，于是老板把这笔钱入进了自己的个人口袋，后来企业要进货需要钱，于是向老板个人借款，这个时候，税务局会认定为企业做两套帐，有账外资金隐藏收入，这对企业来说是个不小的风险。
商业回扣
商业回扣在企业经营过程中非常常见，一位企业老板他们一年营业额9000万有差不多将近2000万的回扣，但这些回扣多，不可能会有发票的，更不可能代收受人扣缴个人所得税。常见的就是医疗器械或者医药行业。
支出无票
所谓支出无票，就是钱花出去了，但是没有拿到发票。发票对企业来说，有着重大的意义，尤其是在做账方面，基本上，企业或财务都知道，发票是主要的原始依据。事实上，企业很多支出都是凭发票做账，尤其是大型企业，做账比较规范，普遍如此。在税局“以票控税”的监管模式下，发票是每个企业都无法绕过的问题。
账面记录不规范
企业的账本或者会计凭证上写着“代开”，“税点”，“回扣”，“送礼”，“礼品”等字眼，会给企业带来不可预料的风险。
增值税发票虚开
增值税发票虚开一般指虚开增值税发票罪，具有下列行为之一的都属于增值税发票虚开：
（1）没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具。
（2）有货物购销或者提供或接受应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实。
（3）进行实际经营活动，但他人为自己代开，其余的对不能反映纳税情况的有关内容，作虚假填写。
不合规票据
是指发票的抬头、日期等信息不合规。比如企业在1月份的报销中出现了12月份的发票，这就叫不合规发票。不合规票据还包括金额错误，备注档折扣等等，抬头简称是最常见的不合规定问题。
提前开发票
是指企业的交易还没有发生，成本还没有产生就庭前把发票开了，风险在于容易被税务部门认为虚开发票。
存货账实不符
民营企业存在前着一个非常严重的问题，要么实际存货比帐面多要委实际存货比帐面少。
财政性资金收入不缴税
财政性资金收入，许多企业以为是政府补贴，如果缴税不就又还给政府了吗？所以不缴税，留下罚款、补税、滞纳金的风险。
两套账
很多企业都有两套账，内账和外账，实际上他们两套账处理非常简单粗暴，甚至根本不需要稽查，一看对外报表就能判断在通过两套账进行偷税。
大额不需要支付的应付账款
这很可能是企业买发票时，票买进来了，货款却不用付，只好挂“应付帐款买票越多，金额越来越大，最后在财务帐上留下后遗症无法消除。
公司注销问题
随着金税四期上线，社保入税、工商信息联网、银行流水监管，国家在不断地营造一个公平的税收环境。税务管理不规范的企业，风险越来越大，为了逃避风险，最好的办法不外乎规范企业纳税或注销企业。事实上。注销公司一般要做3-4年的税务稽查审计，企业的问题，能经得住稽查？
收入确认按开票时间确认
很多企业是收款的时候开票、确认收入，但也有企业存在客户要发票、打款时间和正常销售时间不一致的情况。如8月1号把货卖了（货已发送完毕）11月1号客户才给付款。
这种情况下，什么时候开票并纳税呢？纳税义务时间是什么时候？按税法规定，纳税义务时间是8月1号，但是大多数企业都是把11月1号客户付款并给客户开票的时间作为纳税义务时间，这也将导致税务风险。
公司账户套现
出借账户，或者帮客户提取现金。客户向企业购买10万元货款给了一张15万元的支票，让客户帮忙提取5万元的现金（不是要回扣，发票面额还是10万元），容易被认定为价外费用征税。
税务风险有哪些税务风险有以下两个方面：1、企业的纳税行为不符合税收法律法规的规定，应纳税而未纳税、少纳税，从而面临补税、罚款、加收滞纳金、刑罚处罚以及声誉损害等风险；2、企业经营行为适用税法不准确，没有用足有关优惠政策，多缴纳了税款，承担了不必要税收负担。
税务风险应对措施如下：1、树立风险防范意识，企业自身应做到依法诚信纳税，建立健全内部会计核算系统，完整、真实和及时地对经济活动进行反映，准确计算税金，按时申报，足额缴纳税款，健康参与市场竞争；2、提高涉税人员的业务素质与工作的专业性，财务部门掌握着企业发展的经济命脉，因此对财务部门中工作人员的专业性提出了更高的要求。
业务等涉税人员应加强税收法律、法规、各项税收业务政策的学习；3、树立正确的纳税意识和税务筹划风险意识，在依法纳税的前提下开展税务筹划，对企业的高层管理人员进行培训，对企业高层管理人员灌输正确的纳税理念；4、需要时刻关注税法的政策变动，全面了解税法政策最新的动态。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第二十六条 纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。