五证合一的纳税人变更了税号，旧税号时取得的专用发票可以继续认证抵扣，包括扫描认证和在发票确认平台勾选认证;如果认证以后申报时一窗式比对不符，需要到大厅人工比对，手工清卡。
五证合一后老税号开具的发票怎么处理没有五证合一，是三证合一，不要搞错，使用新的统一的18位社会信用代码的，原来旧税号开的发票，不可以认证抵扣，建议退回重新开。
五证合一前开的增值税发票还未认证 怎么办纳税人发生营业执照变更，成为五证合一纳税人后，因纳税识别号变化，需重新领取CA证书，涉及财务负责人、核算方式等税务事项变更的，需办理税务登记变更。
如原来未领用发票，则不需要办理其它税务事项，如原来领用过发票，则需要重新刻制发票专用章，税控开票系统纳税人应做好已开具发票的抄报税工作及一般纳税人已收受发票的认证工作，对未开具发票视情况作系统退票或作废处理，携带五证合一新证、发票领用簿、税控专用设备、已开具发票存根联、作废发票、已作系统退票处理的未开具发票等到国税办理发票的重新领用。
出口退税纳税人由于《出口退(免)税备案表》中的内容发生变更的，出口企业或其他单位须自变更之日起30日内，向主管国税机关提供相关资料，办理备案内容的变更。
办理变更后供应商开的增值税专用发票税号开具18位的，如15位的需要退回重开。