根据《国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》国税函[2009]83号第一条的规定，自2009年4月1日起，试点地区的增值税一般纳税人进口货物取得属于增值税扣税范围的海关缴款书，应当在开具之日起90天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对，逾期未申请的不予抵扣进项税额。
稽核结果为不符、缺联、重号的海关缴款书，纳税人检查数据采集错误的，属于采集错误的，未超过报送期限的海关缴款书，纳税人可重新采集申请稽核比对；超过报送期限的，纳税人应在税务机关提供稽核结果的当月申请数据修改，再次稽核比对，税务机关在次月申报期内向其提供稽核比对结果，逾期未申请数据修改的不予抵扣进项税额。对不属于采集错误，纳税人向主管税务机关提出申请，由主管税务机关组织审核检查。
海关进口增值税专用缴款书的抵扣期限超过了怎么办?有办法申请逾期吗？必须在90天内抵扣，最晚在开票之日起满90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，增值税纳税申报时要报送通过“通用税务数据采集软件”采集的电子抵扣信息和纸制《抵扣清单》。
如果逾期抵扣，“通用税务数据采集软件”会提示：此抵扣凭证自开票之日起已经超过120天（由于是90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，所以录入期最长为自开票之日起已经超过120天。），系统无法录入信息。
问下海关缴款书抵扣逾期要怎么办这个6月报税期就是6月份申报5月份的税报表。是5月的税款在必须在增值税纳税申报表附列资料二中申报，就可以在五月及后面的期限抵扣。
5月31日是没有这个稽核结果通知书的，一般是6月份要在网上报税系统中的海关稽核结果明细查询中，确认海关缴款书，第二天收取回执，会收到抵扣凭证稽核结果通知书，增值税纳税申报表附列资料二中会显示海关缴款书的税额。如果企业没有在网上报税系统中的海关稽核结果明细查询中，确认海关缴款书，系统一般会在15号之前自动确认。
如果过期了一般没有有补救办法，就像增值税进项发票没有申报一个道理。