你的情况属于汇总纳税，费用汇总到总公司冲抵总公司的应纳税所得额并不是真正把费用放在总公司，而是指的总分公司汇总纳税。分公司第一年成立可以不汇总，之后需要。具体参加下面指导细则。
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总公司与分公司的所得税按照税收法规,跨地区经营(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市)设立不具有法人资格的营业机构、场所,企业实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法。
"就地预缴"是指总机构、分支机构应分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
不是跨地区经营,不执行"就地预缴"企业所得税,汇算清缴也不在分支机构(税法另有规定的除外)所在地缴纳.
税款预缴,应根据当期实际利润额,按法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额,分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。
在规定期限内按实际利润额预缴有困难的,经总机构所在地主管税务机关认可,可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4,由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。
总机构和分支机构分期预缴的企业所得税,50%在各分支机构间分摊预缴,50%由总机构预缴。
计算涉及到的公式如下：
总公司分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
所有分公司分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分公司分摊税款=所有分公司分摊税款总额×该分公司分摊比例
总公司应按照上年度分公司的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分公司分摊所得税款的比例；三级及以下分公司，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分公司；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
汇总征税如何办理？汇总征税报关流程？根据《中华人民共和国海关事务担保条例》第十一条 当事人在一定期限内多次办理同种海关事务的，可以向海关申请一般担保。
海关接受一般担保的，当事人应当自行办理海关事务，不再提供单独担保。
一般担保的适用范围、担保金额、担保期限和终止，由海关总署规定。
拓展资料：1.申请条件：申请人应为具有通用认证及以上资质的企业；必须开通电子支付关税；上一自然年平均每月纳税次数不少于4次；向海关申报符合规范要求，遵守海关税收征管法律法规，及时缴纳税款。
在多个直辖海关申请汇总征税注意事项：企业应先向直辖海关职能部门提出申请，并列明一个或多个直辖海关汇总征税。
经海关审定，企业具备在全国各口岸海关办理汇总征税的资。
随后，企业应向直属海关职能部门提交保证金或银行保函。
担保受益人包括企业境内直属海关及其他开展汇总征税业务的企业直属海关。
3，“一保全国通用”和“一保全国通用”的前提条件有两个：一是企业直属海关已通过企业申请；二、银行保函的受益人包括企业境内的直属海关和申请汇总征税业务的企业的其他直属海关。
企业应向直属海关职能部门提交保证金或银行保函。
海关备案后生成一般担保账户，自动用于申请汇总征税的企业直属海关。
另外，保函的使用要求：企业进行汇总纳税申报进出口时，选择汇总纳税方式，输入备案的总保函编号。
一份报关单对应一个总保单号。
当然，如果企业违反海关规定，也有相应的处罚措施。
企业存在拖欠税款风险的，海关可以冻结该企业的合并纳税一般担保账户，暂停合并纳税。
企业逾期不缴纳税款的，海关实施违法登记。
一个自然年度内发生两次以上滞纳税或税收风险的，海关应当取消汇总征税资。
企业所得税汇总纳税管理办法纳税人应当按照企业所得税法及其实施条例和企业所得税的有关规定，正确计算应纳税所得额和应纳所得税额，如实、正确填写企业所得税年度纳税申报表及其附表，完整、及时报送相关资料，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
纳税人因有特殊困难，不能在汇算清缴期内补缴企业所得税款的，应按照税收征管法及其实施细则的有关规定，办理申请延期缴纳税款手续。
法律依据：《企业所得税汇算清缴管理办法》第二条 企业所得税汇算清缴，是指纳税人自纳税年度终了之日起5个月内或实际经营终止之日起60日内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算本纳税年度应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴企业所得税的数额，确定该纳税年度应补或者应退税额，并填写企业所得税年度纳税申报表，向主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。
凡在纳税年度内从事生产、经营（包括试生产、试经营），或在纳税年度中间终止经营活动的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应按照企业所得税法及其实施条例和本办法的有关规定进行企业所得税汇算清缴。
实行核定定额征收企业所得税的纳税人，不进行汇算清缴。