增值税专用发票保管，指一般纳税人对已领购的增值税专用发票和已开具的增值税专用发票存根联、抵扣联以及增值税专用发票领购簿、纳税人领购增值税专用发票台帐进行专门的保存管理。
（一）专人保管。必须确定专人负责增值税专用发票的领购、开具和保管工作。
（二）专柜存放。必须购置防盗保险柜等存储专用设备。有条件的单位还应当配置必要的安全报警设施。
（三）建立专帐。必须建立《纳税人领购增值税专用发票台帐》（见附件28、29），如实反映增值税专用发票领购、注销、库存等情况。设有二级核算单位的一般纳税人，还应当建立二级台帐，健全内部领购制度。
（四）专表报告。必须逐月向国税机关报送《增值税专用发票使用明细表》。
（五）做好“五防”。必须采取措施，防火、防盗、防霉烂毁损、防虫蛀鼠咬、防丢失。
（六）建章立制。必须按照国税机关的要求，建立增值税专用发票岗位责任制以及领购、验收、安全保管等项规章制度。
应当注意的是：
不准跨县（市）携带、邮寄、运输空白增值税专用发票；
邮寄、运输空白增值税专用发票出入国境；
严禁拆本使用增值税专用发票；
增值税专用发票存根联、抵扣联应当保存５年，期满报经国税机关查验后，方可销毁###纳税人套印发票的管理应该满足如下要求：
落实安全保管。
购票户对领购的发票要落实专人保管，做到发票进入保险柜存放，落实防盗措施，纳入防伪税控机管理的一般纳税人，在购买发票前，必须与一税务局签订《增值税专用发票使用管理责任书》、《防伪税控机使用管理责任书》，要将专用发票及IC卡分开存放于专门的保险柜内，确保发票（IC卡）保管万无一失。
落实登记管理。纳税人对领购的发票必须建立《购、用、存登记簿》，如实填写有关情况。按领购批次的发票实行逐批汇总装订成册，在每册存根联前页附订上该批次的《存根联明细表》的开票明细情况；对已填开发票存根联和发票登记簿，应保存五年，保存期满，报经税务局查验后销毁。
禁止带票外出。任何单位和个人不准跨地区携带使用发票，不准带票外出经营。
纳税人应妥善保管发票及金税卡、IC卡，不得丢失。如果发生被盗、丢失，应立即上报主管分局（被盗应向公安机关报案）；经分局会同区局发票等部门派员调查核实后，填写《发票挂失声明申请审批表》逐级上报审批，并在《中国税务报》上声明作废。
遗失的发票及两卡如发生偷税案件，纳税人应承担连带的法律责任。
同时：
按程序用中文开具专用发票；
已开具的发票不得修改，如果填开有误，应录入税控机确认发票作废的号码后，将原整套发票打印“作废”字样，普通发票整套加盖“作废”印章；
填开项目齐全，内容正确无误；
票物相符，票面金额与实际收取的金额相符；
全部联次一次开具，上下联内容、金额、税额一致；
按照规定的时限开具发票，发票号码顺序同填开日期顺序应当一致；
发票联、抵扣联应加盖发票专用章；
不得开具伪造的发票。
有下列情况的，不得开具专用发票：
向消费者销售应税项目；
销售非应税项目；
销售报关出口的货物，在境外销售应税劳务；
将货物用于非应税项目；
将货物无偿赠送非增值税一般纳税人；
将货物用于集体福利或个人消费；
提供非应税劳务（应当征收增值税的除外），转让无形资产和不动产。