存货的涉税问题主要集中在两个税种：增值税和企业所得税
存货暂估入库
企业对于已验收入库的存货，但正式商业发票尚未收到，企业在资产负债表日合理估计存货的入库成本。在年内企业可以按存货账面金额进行所得税预缴，但是到年终至企业所得税汇算清缴这段时期，若存货的暂估入库仍有没有取得发票的部分，则问题来了。
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》国家税务总局公告2011年第34号第六条、关于企业提供有效凭证时间问题：企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》国家税务总局公告2018年第28号第六条、企业应在当年度企业所得税法规定的汇算清缴期结束前取得税前扣除凭证。