快递公司丢失，客户没收到，你这边让快递公司出具一份证明，证明内容可以你写好，拿去他们盖章，内容要体现所丢失发票的信息，如代码，号码，日期，购方税号这些。落款是他们快递公司的名字；
拿快递公司盖章的证明去税务局办理发票遗失申明。如果有现成的资料，就填好拿过去办理，如果没有，就带上公章去税务局输，填写一式三联发票遗失申明，税务局会给你两份发票扣税证明单（注：需要在你这张发票做账，税款扣完以后才能去办理。）办理发票遗失申明需要400块钱，可以由快递公司赔，或者扣他们运费。或者去市一级报纸发遗失申明，费用便宜一点，把报纸带过去，但是麻烦，建议直接叫快递公司赔400块钱，去税务局办理；
把记账联复印2份，加盖你们单位公章，和税务局出具的已报税证明单，寄给客户，客户凭此单去他们税务局办理抵扣事项，发票复印件做账。