南京建筑企业资质办理流程如下：1、建筑业企业领取工商营业执照；2、申请企业按照属地管理的原则向所在区县建筑业管理部门提交资质申请材料原件及复印件，区县建筑业管理部门初审合格后报市建管处施工科；3、施工科对资质申请材料进行审核、公示；4、公示完成后，无异议的予以核准、报省建管局备案、打印资质证书；5、施工科对资质申请材料进行审核、公示；6、公示完成后，无异议的予以核准、报省建管局备案、打印资质证书。
法律依据：《建筑业企业资质管理规定》第七条工程施工总承包企业资质等级分为一、二级；施工承包企业资质等级分为一、二、三、四级。
工程施工总承包企业和施工承包企业的资质等级标准及承包工程范围由国务院建设行政主管部门统一组织制定、发布；专项分包企业的管理办法由省、自治区、直辖市人民政府建设行政主管部门制定。
第八条工程施工总承包企业和施工承包企业的资质实行分级审批。
一级企业由国务院建设行政主管部门审批；二级以下企业，属于地方的，由省、自治区、直辖市人民政府建设行政主管部门审批。
直属于国务院有关部门的，由有关部门审批。
第九条已经设立的建筑业企业申请资质，应向资质管理部门提供下列资料：（一）建筑业企业资质申请表；（二）企业法人营业执照；（三）企业章程；（四）企业法定代表人和企业技术、财务、经营负责人的任职文件、职称证件；（五）企业所有工程技术、经济人员的职称证件，及关键岗位从业人员职业资格证书。
（六）企业的生产统计和财务决算年报表；（七）企业的验资证明；（八）企业完成的代表工程及质量、安全评定资料；（九）其他需要出具的有关证件。
工程施工总承包企业进行工程勘察和设计业务时，还需出具有关部门颁发的《工程勘察资格证书》和《工程设计资格证书》。
南京建筑资质办理下列建筑业企业资质的许可，由国务院建设主管部门实施： （一）施工总承包序列特级资质、一级资质； （二）国务院国有资产管理部门直接监管的企业及其下属一层级的企业的施工总承包二级资质、三级资质； （三）水利、交通、信息产业方面的专业承包序列一级资质； （四）铁路、民航方面的专业承包序列一级、二级资质； （五）公路交通工程专业承包不分等级资质、城市轨道交通专业承包不分等级资质。
列建筑业企业资质许可，由企业工商注册所在地省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门实施： （一）施工总承包序列二级资质（不含国务院国有资产管理部门直接监管的企业及其下属一层级的企业的施工总承包序列二级资质）； （二）专业承包序列一级资质（不含铁路、交通、水利、信息产业、民航方面的专业承包序列一级资质）； （三）专业承包序列二级资质（不含民航、铁路方面的专业承包序列二级资质）； （四）专业承包序列不分等级资质（不含公路交通工程专业承包序列和城市轨道交通专业承包序列的不分等级资质）。 下列建筑业企业资质许可，由企业工商注册所在地设区的市人民政府建设主管部门实施： （一）施工总承包序列三级资质（不含国务院国有资产管理部门直接监管的企业及其下属一层级的企业的施工总承包三级资质）； （二）专业承包序列三级资质； （三）劳务分包序列资质； （四）燃气燃烧器具安装、维修企业资质。 首次申请或者增项申请建筑业企业资质，应当提交以下材料： （一）建筑业企业资质申请表及相应的电子文档； （二）企业法人营业执照副本； （三）企业章程； （四）企业负责人和技术、财务负责人的身份证明、职称证书、任职文件及相关资质标准要求提供的材料； （五）建筑业企业资质申请表中所列注册执业人员的身份证明、注册执业证书； （六）建筑业企业资质标准要求的非注册的专业技术人员的职称证书、身份证明及养老保险凭证； （七）部分资质标准要求企业必须具备的特殊专业技术人员的职称证书、身份证
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需要的材料:
营业执照
税务登记证
法人代码
工程业绩
技术人员(资质级别不同人员要求不同)
劳动合
社会保险
机械设备
以上的原件及复印件人员与设备的多少根据申报的资质标准中的类别、等级来定。
提交材料材料复印件按顺序编排目录，装订成册。
新设立的企业申请资质，提供下列资料（需与原件核对）：
建筑业企业资质申请表（一式四份）；
企业法人营业执照；
企业章程；
验资报告；
企业法定代表人和企业技术、财务、经营负责人的任职文件、职称证书、身份证；
企业项目经理资格证书、身份证；
企业工程技术和经济管理人员的职称证书；
企业工程技术和经济管理人员的社保证明材料；
企业工程技术和经济管理人员的经劳动部门鉴证的劳动合同；
企业的调入或外聘工程技术、经济管理的行政人事调动手续或原调出单位法人签字同意的调出证明和本单位法人签字同意的聘用证明；
各类上岗人员证件、身份证；
需要出具的其他有关证件、资料。
企业申请资质升级，提供上述资料外，还应当提供下列资料：
企业原资质证书正、副本；
企业的财务决算年报表；
企业完成的具有代表性工程的合同及其质量验收、安全评估资料。
对企业改制，或者分立、合并后组建设立的建筑业企业申请资质就位，除提供上述资料外，还应当提供如下材料：
新企业与原企业的产权结构及资产负债情况；
会计师事务所的验资证明，其中国有企业还需出具国有资产管理部门的核准文件；
新企业与原企业的人员、内部组织机构的分立与合并情况；
工程业绩的分割、合并情况等
提交材料装订按照以下要求进行：
附件材料装订规格：附件材料一律使用A4（210×297mm）型纸，要有封面、目录和页码。封面内容包括：“建筑业企业资质申请附件材料”字样、申请日期、申请单位等。
附件材料装订顺序：封面、目录、企业法人营业执照、原资质证书正、副本、企业章程、验资报告，法定代表人、技术负责人、财务负责人、经营负责人资料，财务及统计资料；代表性工程的合同及质量验收、安全评估资料；项目经理资料、工程技术和经济管理人员资料及其他资料。资料装订可根据以上顺序分册装订。
附件材料中的工程技术和经济管理人员的职称证书和身份证应复印在同一页纸面上、项目经理资格证书（证书上的工作单位必须与本单位相符）和身份证应复印在同一页纸面上。
所有工程技术和经济管理人员资料的复印件应按照《建筑业企业资质申请表》中相应顺序单独装订成册（注：每个人的有关资料应装订在一起）。
水利、通信等方面增项资质的企业，每申请一个方面的资质，需增加填写两份《建筑业企业资质申请表》，并将其相应的附件材料分开装订。
报送省建设厅审批企业资质的，上述工程技术和经济管理人员材料由各市人民政府建设行政主管部门严格审查并对其原件核验后保存，省建设行政主管部门可随时抽查原件。
核准权限
建筑业企业申请就位施工总承包特级和一级、专业承包一级资质，由省建设厅审核同意后，报送建设部审批；
建筑业企业申请就位施工总承包二级、专业承包二级、劳务分包一级资质和不分等级资质，由各市建设行政主管部门审核，省建设行政主管部门审
委托广州、深圳市建设行政主管部门审批市属施工总承包、专业承包、劳务分包企业二级以下（含二级）资质；
委托其他各市审批市属施工总承包、专业承包企业三级和劳务分包企业二级资质。
办理程序
申办单位向注册所在地县级以上建设行政主管部门提出申请；
接收申办材料的主管部门，对材料文件进行核验，确认《建筑业企业资质申请表》各项内容与原件相符；
报送省建设厅审核、核准的，由省建设厅组织专家进行评审。其中涉及交通、水利、通信等方面资质的，由省建设厅送有关部门初审；报送各市审核、核准的，涉及交通方面资质的，由各市建设行政主管部门送同级交通行政主管部门初审。涉及水利、通信等方面资质的，由各市建设行政主管部门送省水利、通信行政主管部门初审；
初审后，由省建设厅建筑管理处组织审核（经办人提出意见，处务会议审核，处领导签名）；5、厅领导审批；
在省建设信息网公示；
经公示无异议，或有异议经查实确符合条件者，特级、一级资质上报建设部审批，二级及二级以下资质由省建设厅颁发证书。核准期限材料提交完备后60天内完成最后还要办理安全生产许可证以上是办理三级需要提供的相关证件及说明。二级，一级条件更高一些。