分公司办理核定税种时应注意： 分公司分独立核算和非独立核算两种，确定公司税种核定的界定，首先需要确定分公司怎样开展业务的，如果分公司和总公司都是在上海，一般情况可以由总公司合并申报，分公司不用单独核定税种，一切由总公司办理申报，在办理税务登记证时需要在申请表里备注清楚。
如果总公司不在上海，就可能需要两种情况了，一种是非独立核算，还一种是独立核算。两种核算方式的区别在于：独立核算是指具有完整的会计凭证、会计账簿和会计报表体系，全面地记录所发生的经济业务，并定期编制财务报表的单位所进行的会计核算。实行独立核算的单位称为独立核算单位，拥有一定数额的资金，有独立经济的自主权，独立开设银行账户，办理各项收支结算业务；设置独立的会计机构进行全面的会计核算；单独编制预算和计算盈亏。 非独立核算是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。非独立核算的分公司可以领用增值税发票，但前提是总公司也是一般纳税人。独立核算在会计处理过程中比较简单，不过也要依据各公司的股东决议才能做决定。