进项税勾选认证操作流程如下：1、登录网上税务局：输入纳税人识别号和密码，登录网上税务局；2、进入增值税专用发票查询页面：在网上税务局首页中找到“发票管理”栏目，点击进入，再点击“增值税专用发票查询”进入查询页面；3、查询进项税专用发票：在增值税专用发票查询页面中，选择“进项发票”选项，按照查询条件进行查询，找到需要勾选认证的进项发票；4、勾选认证：在查询结果页面中，找到需要勾选认证的进项发票，点击“勾选认证”按钮，填写认证信息，如认证日期、认证方式等。
填写完毕后，点击“提交”按钮，完成勾选认证操作。
进项税勾选认证操作材料：1、纳税人识别号：进项税勾选认证需要纳税人识别号，纳税人应提供有效的识别号码；2、税务登记证书：用于证明企业已经办理了税务登记，符合国家税收政策和税务管理要求；3、增值税专用发票：进项税勾选认证需要保留和提供销售方开具的增值税专用发票，包括发票代码、号码、开票日期、购买方名称、规格型号、金额、税额等信息；4、资料审批表：一些地区可能需要在纳税人提交进项税勾选认证申请前，先填写资料审批表进行审批。
综上所述，纳税人在进行进项税勾选认证时，需要按照相关规定进行操作，如按照税法规定的时限、认证方式等要求进行操作。
【法律依据】：《中华人民共和国税收征收管理法》第二十八条税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。
农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。
行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。
扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。
纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。
税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。
进项发票勾选认证操作流程发票认证操作的流程，具体如下：
插上金税盘在电脑上，保证金税盘在闪光；
登录增值税发票选择确认平台，输入税控盘证书密码；
登录进来以后就点发票勾选，开票日期可以自己选择的，选择好日期之后就点击查询，就会出现未认证的发票；
然后就开始勾选发票，确认当期要认证的发票，选择完后就点击保存；
上面步骤结束后就点击确认勾选，然后点已勾选未确认按钮，然后点确定按钮；
确认完后可以打印出来，而且可以查看认证的明细；
认证完后，过一段时间就能查到申报抵扣发票统计表了。一个月可以进行多次认证的，最后会统计起来。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条
开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
进项认证步骤每个月的报税期间进行进项发票的认证抵扣，通常是月初1号-15号（逢节假日顺延）。
第一步，去开票系统里查看上月销项税额。
第二步，根据上月的销项税额，估算本期需要认证的进项税额。
如果本期认证抵扣的进项税额大于销项税额，则本期不需要缴纳增值税，增值税申报时会产生留抵税额；2、如果本期认证抵扣的进项税额等于销项税额，则本期不需要缴纳增值税。
如果本期认证抵扣的进项税额小于销项税额，则本期需要缴纳增值税。
缴纳的增值税金额是销项税额减进项税额的差额。
第三步，计算好本期需要认证的进项税额后，在增值税发票认证抵扣平台操作进项发票认证抵扣。
第四步，核对平台上勾选确认的进项税发票税额和发票份数后确认完成本期进项发票认证抵扣。
第五步，打印进项发票认证汇总表。
第六步，将进项发票认证汇总表和已认证的进项发票装订成。