发生这类问题还是比较少见的，尤其是人为因素导致超期未认证，因为负责经办发认证票管理的一般都是专职/专业的会计人员，若有发生那以后务必记住要及时认证掉，坚决避免人为失误发生，那么发生增值税专用发票过期未认证进项税如何处理呢？
按以下办法处理：
增值税专用发票超期没有认证抵扣的进项税额，所涉进项税由于过期未认证而不得抵扣，一般的做法是将该进项税额与发票价款一并计入相应的成本费用当中进行列支，也就是把增值税专用发票当成普通发票来使用了。
因为客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，只要是业务发生真实交易的，还是可以找主管税务机关处理，一般流程经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。【根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）文件】
上述所称“客观原因”包括如下情况：
（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
（六）国家税务总局规定的其他情形。
结论：发生了增值税专用发票过期未认证，应如何处理，请结合自身实际情况，然后分析判断下一步的工作，希望对你有帮助。