77家药企查账结果公布之后存在的共性问题就是销售费用占比过高。300多家医药企业查账之后销售费用占总收入的15%，就有很多很多的猫腻了，至于说到底有什么，那我们就不能一一详谈了。
共性的一些问题，有些企业存在虚构原始凭证增加销售费用这样的方法，这个可以说挺常见的，就比如我开了个公司，今年利润是1,000万，销售费用没有那么高，就是50万到80万之间，但是我觉得销售费用的抵扣完全不止这点费用，我可以抵扣的更多，因为抵扣的更多，到时候所得税交的就会更少，所以我虚构一些原始凭证，我本来没有去那个饭店吃饭，但是我跟饭店商量好了，你给我开个票，开1000块钱的票，我给你30块钱或者给你50块钱，对于这些个体来说，他们开票是没有太大影响的。
正常来说，查账一般就是查一般纳税人，对于个体工商户以及小规模查的频率会比较低，或者说几乎是不查的，他们的进项销项管理就没有那么严格，我可以从他那儿每个月或者每季度看到45万以内的票，当然了我不会从一家地方开，那不是很憨批的行为吗？我多找几个地方啊，我把销售费用顶上去顶到15%左右，那最后我抵后的费用就更多了，到时候我的利润就更少了。
穿透式查账查了77家企业，查了之后多多少少都有问题，我们客观的说，作为一个财税人员，自己对这个行业多少也是有一点了解的，要说一个公司的这样一点问题都没有，这个可能性不是那么高，就是说一个很现实的情况吧，大部分企业无论是小规模还是一般纳税人，你是自己会计做的还是说找带上公司做的，他多多少少都有那么一点问题，只不过有的可能比较小，就是比如说多做了人工，那最近管得比较严了就不行了。
但是有的还比较严重的那种进项销项差，太多的人工作多了，但是没做社保的这种情况一旦被查账那都挺严重的，尤其是现在金税4期一上线这东西对你进项销项的管理十分严格，无论你是什么样的企业，你被查了都有风险，你到时候可能就会降低你的信用等级，你贷款之类的会很麻烦，也可能会降低你的票额，从10万的给你变成1万的，这都有可能的，最重要的是你要是税务异常了，这事就麻烦了。
企业在税务方面一般会有遇到什么问题一般会遇到如下问题：
纳税申报不准确。
开具发票不规范，税收分类选择编码不准确，适用税率不准确。
取得发票不规范，货与款不一致等等。
对税收政策不熟悉，业务不够，学习不够，参加培训不积极。
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内部借款
内部借款是指股东向公司借钱，股东向公司借款有可能涉嫌抽逃注册资本也可能涉嫌“视同分红”（股东借款超过一个纳税年度未归）从而导致需要缴纳个人所得税，这个对企业来说是不小的风险。
账外资金回流
把钱借给企业会被怀疑账外资金回流，比如一个做服装生意的老板卖了1000万元的脱衣服，客户都不需要发票，于是老板把这笔钱入进了自己的个人口袋，后来企业要进货需要钱，于是向老板个人借款，这个时候，税务局会认定为企业做两套帐，有账外资金隐藏收入，这对企业来说是个不小的风险。
商业回扣
商业回扣在企业经营过程中非常常见，一位企业老板他们一年营业额9000万有差不多将近2000万的回扣，但这些回扣多，不可能会有发票的，更不可能代收受人扣缴个人所得税。常见的就是医疗器械或者医药行业。
支出无票
所谓支出无票，就是钱花出去了，但是没有拿到发票。发票对企业来说，有着重大的意义，尤其是在做账方面，基本上，企业或财务都知道，发票是主要的原始依据。事实上，企业很多支出都是凭发票做账，尤其是大型企业，做账比较规范，普遍如此。在税局“以票控税”的监管模式下，发票是每个企业都无法绕过的问题。
账面记录不规范
企业的账本或者会计凭证上写着“代开”，“税点”，“回扣”，“送礼”，“礼品”等字眼，会给企业带来不可预料的风险。
增值税发票虚开
增值税发票虚开一般指虚开增值税发票罪，具有下列行为之一的都属于增值税发票虚开：
（1）没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具。
（2）有货物购销或者提供或接受应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实。
（3）进行实际经营活动，但他人为自己代开，其余的对不能反映纳税情况的有关内容，作虚假填写。
不合规票据
是指发票的抬头、日期等信息不合规。比如企业在1月份的报销中出现了12月份的发票，这就叫不合规发票。不合规票据还包括金额错误，备注档折扣等等，抬头简称是最常见的不合规定问题。
提前开发票
是指企业的交易还没有发生，成本还没有产生就庭前把发票开了，风险在于容易被税务部门认为虚开发票。
存货账实不符
民营企业存在前着一个非常严重的问题，要么实际存货比帐面多要委实际存货比帐面少。
财政性资金收入不缴税
财政性资金收入，许多企业以为是政府补贴，如果缴税不就又还给政府了吗？所以不缴税，留下罚款、补税、滞纳金的风险。
两套账
很多企业都有两套账，内账和外账，实际上他们两套账处理非常简单粗暴，甚至根本不需要稽查，一看对外报表就能判断在通过两套账进行偷税。
大额不需要支付的应付账款
这很可能是企业买发票时，票买进来了，货款却不用付，只好挂“应付帐款买票越多，金额越来越大，最后在财务帐上留下后遗症无法消除。
公司注销问题
随着金税四期上线，社保入税、工商信息联网、银行流水监管，国家在不断地营造一个公平的税收环境。税务管理不规范的企业，风险越来越大，为了逃避风险，最好的办法不外乎规范企业纳税或注销企业。事实上。注销公司一般要做3-4年的税务稽查审计，企业的问题，能经得住稽查？
收入确认按开票时间确认
很多企业是收款的时候开票、确认收入，但也有企业存在客户要发票、打款时间和正常销售时间不一致的情况。如8月1号把货卖了（货已发送完毕）11月1号客户才给付款。
这种情况下，什么时候开票并纳税呢？纳税义务时间是什么时候？按税法规定，纳税义务时间是8月1号，但是大多数企业都是把11月1号客户付款并给客户开票的时间作为纳税义务时间，这也将导致税务风险。
公司账户套现
出借账户，或者帮客户提取现金。客户向企业购买10万元货款给了一张15万元的支票，让客户帮忙提取5万元的现金（不是要回扣，发票面额还是10万元），容易被认定为价外费用征税。