成本大于收入，金三系统会有预警，税务局会查。
在一般情况下，企业的成本是低于收入的，这样企业才能获得一定的盈利。
企业在经营的初期，由于前期的大量投入，成本高于收入这是很正常的。
如果企业经营一段时间后，一直处于成本高于收入的情况，那么就有一定的风险了。
成本高于收入会有税务风险吗? 每个月，企业需到税务局完成纳税申报工作，同时报送相应的会计报表(按季度进行也可)，无需另行备案。
但税务局会根据企业情况安排相应人员进行纳税评估，且给予一定的评估建议。
假设发现不实情况，则会要求企业补税。
企业如果不改正，也不补税，不作理由及情况说明，或者理由不充分。
那么税务局将会提交到稽查局，对企业作重点稽查。
综上所述，如果企业成本高于收入这一情况长期存在，那么是会有税务风险的。
税务风险介绍 1、企业税务风险内容：主要涉及到两个方面，其一是企业出现了不符合税收规定的纳税行为，比如应纳税而未纳税、少缴纳。
因此面临补税、罚款、声誉损害及刑罚处罚等风险。
其二是企业经营行为没有适用准确的税法规定，比如相关优惠政策没有完全用上。
从而出现了税款多交的情况，也就是承担了不必要的税收负担。
企业税务风险特点：企业税务风险有着主观性、必然性及预先性的特点。
主观性指的是纳税人及税务机关对于同一涉税业务的理解是不一样的，也就导致出现了企业税务风险;必然性指的是企业在生产经营过程中，最终目标为将税后净利润最大化，而税收本身是具有强制性特点的。
因此也就出现了企业及政府之间信息不对称的现象。
最后使得企业难以规避税务风险。
预先性也就是指企业税务风险的存在要先于税务责任履行的行为。
提起了解企业税务风险的预先性，能够一定程度上降低税务风险。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第九条 税务机关应当加强队伍建设，提高税务人员的政治业务素质。
税务人员必须秉公执法，忠于职守，清正廉洁，礼貌待人，文明服务，尊重和保护纳税人、扣缴义务人的权利，依法接受监督。
税务人员不得索贿受贿、徇私舞弊、玩忽职守、不征或者少征应征税款;不得滥用职权多征税款或者故意刁难纳税人和扣缴义务人。
各级税务机关应当建立、健全内部制约和监督管理制度。
上级税务机关应当对下级税务机关的执法活动依法进行监督。
各级税务机关应当对其工作人员执行法律、行政法规和廉洁自律准则的情况进行监督检查。
税务机关负责征收、管理、稽查、行政复议的人员的职责应当明确，并相互分离、相互制约。
昆明注册公司：“金三”稽查已超500亿怎样才能逃过这阵“飓风”“金税三期”的到来，使得税务机关打击虚开增值税专用发票违法行为的工作力度也不断加大。
了解到，近年来，虚开大案频发，为挽回税款损失开票企业主管税务机关会委托受票企业主管税务机关对虚开发票进行协查，协查结果通常是受票企业被要求转出进项税额，甚至被处以罚款和因涉嫌犯罪被移送司法部分处理。
资金流向要清晰，付款与交易一致企业需要采用可靠的，可追溯资金流向、事后可取证的结算方式，如对公账户之间银行电汇或转账票据，尽量避免用现金或现金支票结算；如果因为具体业务情况无法通过上述方式进行资金流转，发生大额交易时务必注意与开票方签订书面合同以防范风险。
交易实质与发票开具信息一致企业购进商品或接受服务时，需确认所获得的发票上注明的商品信息必须与交易合同中约定的标的、及实际接收到的品名、数量、金额一致，如发票记载内容与已订立的书面合同不一致，应尽可能及时修改合。
如果同一批次购买货物或服务种类较多，应当分别开具发票，或者取得开票方在防伪税控系统中打印的销售清单。
开票人为实际供应商企业确实进行了交易(购买商品或接受服务)，需要保障开票企业为真实供应商，而不能是冒充开票企业名义的业务员或开票企业以外的任何第三方。
企业需要注意：为了防止业务员恶意欺骗，可以要求业务员提供加盖开票企业的印鉴介绍信或通过开票企业邮箱核实业务员身份等方式确认供应商真实性，并注意留存相关证据。
对于无法自行开具专用发票的小规模企业，可在采购前谈判中要求其到税局代开专用发票，切不可贪图快捷找所谓的第三方“代开”。
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金三如何判断税款有无异常？-畅e行E6002实际上这就是数据分析方面的问题。
金三是税务局的核心的征管信息系统，它的功能非常强大，涵盖的业务是最全面的，各个地区的纳税人都是通过各地的电子税务局来进行填写相关报表，申报完毕之后，所有的信息都存储在金税三期中，因此金三中的企业信息是最为全面的。
如何判断税款有没有异常？这是税务局的一个很新的业务发展方向，它主要是利用金三的庞大数据，根据企业申报的各类报表信息和税务局收集到的其他信息进信息比对和各项指标的分析，通过税务局自己开发的各种指标体系进行整体的分析，对偏差率比较大的企业，列入异常信息名单，然后综合各种指标的异常信息对企业进行风险排名，对风险排名比较高的企业下发相关任务，由主管税务机关派人进行检查。
比如在增值税上的最基本的一个指标——税负率。
通过对某一个企业的税负率，和整个行业的税负率进行比较，如果存在着比较大的偏差，那就是一种异常，假设某地区的某个行业的税负率为2%，但是这个企业的税负率为0.1%，税负率相差了20倍，如果销售收入稍微大一点，那么就会被列入税务局的异常信息名单中，税务局会根据工作计划派人进行核实和检查，来确认是企业有特殊的经营业务，还是存在着偷漏税的风险。
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